Pulmonary function tests as surrogate markers of interstitial lung disease onset in systemic sclerosis
Notice bibliographique
Résumé
La sclérodermie systémique (ScS) est une maladie auto-immune chronique à pathologie progressive caractérisée par une vasculopathie et une fibrose diffuse. Les patients sclérodermiques souffrent de dommages importants aux organes internes. En particulier, la pneumopathie interstitielle (PI) est la cause principale de morbidité et de mortalité. Les explorations fonctionelles respiratoires (EFR) sont couramment utilisées pour surveiller l’apparition de la PI liée à la ScS (PI-ScS) à des fins d’initiation du traitement et de suivi. À date, peu d’études ont validé les mesures d’EFR en tant que marqueurs de substitution pour le déclenchement de la PI-ScS.La première contribution de cette thèse est une revue systématique de la littérature qui a déterminé quelles mesures d’EFR ont été utilisées les plus fréquemment comme marqueurs de substitution dans les études de PI-ScS. Cette revue systématique a également résumé les résultats d’études qui ont validé les mesures d’EFR vis-à-vis la tomodensitométrie à haute résolution ou la biopsie pulmonaire chez les patients atteints de ScS. Les résultats ont démontré que, malgré la préférence actuelle pour l’utilisation du % prédit de la capacité vitale forcée (CVF), les preuves disponibles n’appuient pas son statut comme marqueur de substitution préféré pour la PI-ScS.La deuxième contribution de cette thèse est une étude méthodologique qui a exploité à la fois des données simulées et réelles provenant d’une grande cohorte observationnelle de patients canadiens atteints de ScS. L’étude a évalué l’application d’un modèle de Markov caché (MMC) comme moyen d’établir l’apparition de la PI-ScS en utilisant des mesures d’EFR. En particulier, le MMC peut utiliser l’historique complet des mesures d’EFR pour prédire la probabilité d’occurrence de la PI-ScS tout en corrigeant pour les erreurs de mesure liées aux EFR. La performance d’un MMC utilisant des mesures de CVF a été comparé à deux définitions communes de PI-ScS : un CVF <80% prédit et un déclin en CVF ≥10%. Le MMC a démontré la spécificité la plus élevée et le taux d’erreur le plus faible.La troisième contribution de cette thèse est l’utilisation d’un MMC pour valider la CVF, la capacité de diffusion du monoxyde de carbone (DLCO) et la capacité pulmonaire totale (CPT) comme marqueurs de substitution pour le déclenchement de la PI-ScS. Des MMC distincts utilisant soit la CVF, la DLCO et/ou la CPT ont été évalués. Le MMC utilisant conjointement la CVF, la DLCO et la CPT a démontré la sensibilité la plus élevée, ce qui en fait le meilleur outil de dépistage pour la PI-ScS. Par contre, tous les modèles avaient de manière générale une basse sensibilité pour la PI-ScS. En revanche, le MMC utilisant le % prédit de la CPT conjointement avec le VEMS/CVF (volume expiratoire maximal seconde divisé par la CVF) avait une spécificité élevée et un faible taux d’erreur, suivi de près par le % prédit de la DLCO et le CPT en valeur absolue. Ces résultats suggèrent que la CPT et la DLCO pourraient être de meilleurs marqueurs de substitution que la CVF pour le déclenchement de la PI-ScS. Conséquemment, ces mesures devraient être considérées comme paramètres principaux dans les études épidémiologiques sur ce sujet.En résumé, cette thèse a démontré que la CPT et la DLCO sont potentiellement de meilleurs marqueurs de substitution que la CVF pour le déclenchement de la PI-ScS et que l’observation conjointe des mesures en série de la CVF, de la DLCO et de la CPT identifie le plus grand nombre de patients pouvant bénéficier d’une enquête plus approfondie. Étant donné la faible sensibilité des mesures d’EFR, d’autres marqueurs de substitution devraient être explorées pour le déclenchement de la PI-ScS. Finalement, d’un point de vue méthodologique, cette thèse a démontré que les MMC peuvent être mieux adaptés pour détecter l’avènement d’une maladie que l’utilisation de seuils fixes ou de changements pré-spécifiés des valeurs de marqueurs de substitution
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».