Molecular epidemiology of lumpy skin disease virus in bovines: A one-year surveillance research
Notice bibliographique
Résumé
Lumpy Skin Disease (LSD) has historically been confined to Africa and parts of the Middle East, but its geographic expansion over the past decade into Europe, Asia, and more recently into temperate zones of North America has prompted urgent surveillance efforts. This research describes the molecular epidemiology of Lumpy Skin Disease Virus (LSDV) across 38 cattle herds in three regions of Ontario, Canada, during a 12-month active surveillance programme conducted from March 2023 to February 2024. A total of 283 skin nodule biopsies and blood samples from clinically suspect animals were tested by real-time PCR targeting the P32 and RPO30 genes, yielding 38 confirmed positive herds and 146 individual animal-level positives. Monthly prevalence peaked at 21.2% during July, coinciding with maximum vector activity, and declined to below 2% by December. Phylogenetic analysis of 42 complete GPCR gene sequences placed all Ontario isolates within a single genetic cluster most closely related to the Neethling-like lineage previously reported in southeastern Europe, separated by 12 to 18 SNPs from the vaccine strain. Sequence data from three geographic sub-clusters suggested at least two independent introduction events into the province. Molecular clock estimates dated the most recent common ancestor of the Ontario clade to approximately mid-2022. These findings confirm the establishment of LSDV in temperate North American cattle populations, demonstrate a strong seasonal pattern linked to arthropod vector abundance, and underline the need for sustained genomic surveillance to track viral evolution and inform vaccination strategy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».