Scripts from: Whole-genome resequencing reveals complex effects of geographical–palaeoclimatic interactions on diversification of moustache toads in East Asia
Notice bibliographique
Résumé
Geographical features and paleoclimatic fluctuations are two classical evolutionary forces for shaping genetic diversification within species. However, fine-grain analysis of mechanisms through population demographic processes remains limited. Taking advantage of two recently published reference genomes, we re-sequenced the genomes and examined the evolutionary history of the Moustache toads, a group endemic to East Asia where complex topography and fluctuating paleoclimate are known to have profound impacts on organisms. Moustache toads likely originated from southeast Yunnan of China and diversified towards the northwest of Yunnan, as well as central and eastern China. We further focused on three widespread Moustache toad species (Leptobrachium ailaonicum, L. boringii, and L. liui), assessed current population structure, and explored evolutionary processes using demographic modelling and species distribution modelling within each species. We find that mountains and river valleys in East Asia not only function as geographic barriers but also provide dispersal corridors and facilitate continuous migration or post-glacial secondary contact among Moustache toad populations. Furthermore, periodic oscillations of effective population size accompanying fluctuations of historical temperature, and the evident population contraction at the Last Glacial Maximum support a widespread impact of Pleistocene climatic changes on species diversification in East Asia. This impact is moderate for species in the southwestern mountains but is severe in the eastern lowland regions of continental East Asia, which is supported by a mild decrease of effective population size for populations of L. ailaonicum and L. boringii but a drastic population decline for L. liui. Our findings provide molecular mechanisms underlying genetic diversification among Moustache toads and highlight the power of genomic data and demographic modelling for examining complex population-level processes and understanding how geographic and paleoclimatic factors interactively shape current intraspecific diversity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,036 | 0,016 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».