Abstract 3454: Fine Mapping Of A Chromosome 16 Locus Associated With Low High-density Lipoprotein Cholesterol Level (HDL-C) In French Canadian Subjects
Notice bibliographique
Résumé
Low HDL-C is a known independent risk factor for coronary heart disease. Levels of HDL-C are influenced by both genetic and environmental factors. We previously performed a quantitative linkage analysis in two independent studies of the French Canadian founder population: a Quebec-wide study (QUE) consisted of 362 individuals from multigenerational families, and 410 individuals from families of the Saguanay-Lac St-Jean region (SLSJ). The results demonstrated a linkage to the locus 16q23–24 in both studies. This locus has been implicated in previous linkage scans for HDL-C in multiple studies from different populations. All of them resulted in linkage peaks that are less than 12 cM far from our peak, suggesting the existence of one or more genes in this specific locus. We examined the region by SNP fine mapping and used family based association and case-control association analysis. Using families from the QUE study, defining HDL-C <5th percentile (age/gender-matched) as cases, the region was narrowed from 25 cM to 18.1 cM. Affected members from four families share a 2 microsatellite haplotype. SNPs genotyped in this locus allowed us to narrow down the shared haplotype to 4Mb. A case-control association study in the SLSJ study sample (cases <5 percentile HDL-C, controls >40 percentile HDL-C) identified several significant SNPs, one of which was located in the same region as the shared haplotype from the QUE families. Constructing a haplotype of this SNP and a nearby SNP, increased the evidence for association (p =0.016 to 0.0097). The CHST6 gene, located within this region, has been previously identified in macular corneal dystrophy. Because of the presence of occular manifestations with other genes associated with low HDL-C (e.g. LCAT, ApoA1), we sequenced the CHST6 gene and also its homologue CHST5, which is located in the same region. We found three non-synonymous variants in these two genes. One of the variants in the CHST6 gene showed a strong segregation in the four families sharing the microsatellite haplotype. This same variant also demonstrated an odds ratio >2 in the case/control sample, but this was not significant due to the small sample size. Our data present strong evidence for a HDL-C gene on chromosome 16q23–24 that may be related to the CHST6 or CHST5 loci.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».