Insights into the mechanism of the teichoic acid polymerase from Bacillus subtilis and related enzymes
Notice bibliographique
Résumé
Teichoic acids (TA) are phosphate rich polymers which make up a significant proportion of the Gram‐positive bacterial cell wall. Despite their abundance, little is known regarding their function or biosynthesis. In addition, the teichoic acid biosynthetic pathway is comprised of several indispensable genes whose products represent potential targets for novel antibiotics. The TagF protein from Bacillus subtilis 168 is the poly(glycerol phosphate) polymerase responsible for the synthesis of wall TA and is the prototype member of a poorly understood family of similar enzymes. TagF shares no significant homology with any protein of known function. Alignment of its amino acid sequence with predicted TA synthetic enzymes from other organisms identified highly conserved regions specific to the TagF‐like family. Structural experiments localized the active site of TagF to its carboxyl‐terminus, consistent with bioinformatic predictions. pH analysis combined with site‐directed mutagenesis and in vivo complementation experiments identified two conserved histidine residues which are critical to TagF function. H474A and H612A variants showed a 5000‐fold reduction in k cat /K m while variants in four other conserved acidic residues showed minimal loss of activity. We extended these results to suggest mechanistic commonality across the TagF‐like family by demonstrating that analogous substitutions also impacted the activity of the homologous TagB protein. Our experiments give the first insights into how the members of this mysterious family of glycerophosphotransferases promote catalysis. This work was funded by the CIHR.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».