Subgenotyping analysis of pathogenic Cryptococcus gattii isolates from China.
Notice bibliographique
Résumé
Objective To assess the subgenotypes of pathogenic Cryptococcus gattii isolates from China and to elucidate the epidemiological links between these domestic isolates and those from other parts of the world. Methods DNA was extracted from 9 clinical isolates of Ctyptococcus gattii from China. The partially variable regions of the three unlinked loci, namely IGS1, PLB1 and GEF1, were amplified and sequenced, and the bioinformation at these loci was obtained from GenBank for multi-locus sequences alignment and phylogenetic analysis. Results Of these 9 clinical isolates, 8 were genotype VG Ⅰ and mating type α with the same sequences at the tested regions as the reference strain WM276, which was a representative isolate of an independent subgenotype; 1 was of genotype VG Ⅱ and mating type α, which was the first report in China, with the tested sequences consistent with those of the referrence strain R272. Sequencing and phylogenetic analysis of GEF1 gene, which was located at mating type locus, successfully identified the genotypes and mating types of all the Cryptococcus gattii isolates involved here. Conclusions Multi-locus sequence analysis shows that causative Cryptococcus gattii isolates of genotype VG Ⅰ in China carry similar sequences at the tested loci in IGS1, PLB1 and GEF1 genes, to a widely distributed subgenotype in the world, and the sequences of the first VG Ⅱ genotype isolate from China resemble the less virulent subgenotype VG Ⅱ b found in Vancouver islands. Key words: Cryptococcus neoformans; Genes, mating type, fungal; Cluster analysis10.3760/cma.j.issn.0412-4030.2009.02.026
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».