Molecular Modeling of the Interaction of Neurotrophins with the P75NTR Common Neurotrophin Receptor
Notice bibliographique
Résumé
Neurotrophins are a family of proteins with pleiotropic effects mediated by two distinct receptor types, namely the trk family and the common neurotrophin receptor p75 NTR Binding of four mammalian neurotrophins, nerve growth factor (NGF), brain-derived neurotrophic factor (BDNF), neurotrophin-3 (NT-3) and neurotrophin-4/5 (NT-4/5), to p75 NTR is studied by large scale molecular dynamics simulations using CHARMM force field. Geometric match of neurotrophin/receptor binding domains in the complexes is evaluated by the Lawrence & Colman’s shape complementarity statistic S c. The model of neurotrophin/receptor interactions suggests that the receptor binding domains of neurotrophins (loops I and IV) are geometrically and electrostatically complementary to a putative binding site of p75 NTR formed by the second and part of the third cysteine-rich domains. All charged residues within the loops I and IV of the neurotrophins, previously determined as being critical for p75 NTR binding, directly participate in receptor binding in the framework of the model. Principal residues of the binding site of p75 NTR include Asp 47, Lys 56, Asp 75, Asp 76, Asp 88 and Glu 89. The additional involvement of Arg 80 and Glu 73 is specific for NGF and BDNF, respectively, and Glu 73 participates in binding with NT-3 and NT-4/5. The model developed has utility in computer-aided molecular design.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».