Méthodes de modélisation bayésienne et applications en recherche clinique
Notice bibliographique
Résumé
Depuis quelques années un engouement pour les méthodes de modélisation bayésienne a été observé dans divers domaines comme l'environnement, la médecine. Les études en recherche clinique s'appuient sur la modélisation mathématique et l'inférence statistique. Le but de cette thèse est d'étudier les applications possibles d'une telle modélisation dans le cadre de la recherche clinique. En effet, les jugements, les connaissances des experts (médecins, biologistes..) sont nombreux et importants. Il semble donc naturel de vouloir prendre en compte toutes ces connaissances a priori dans le modèle statistique. Après un rappel sur les fondamentaux des statistiques bayésiennes, des travaux préliminaires dans le cadre de la théorie de la décision sont présentés ainsi qu'un état de l'art des méthodes d'approximation. Une méthode de Monte Carlo par chaînes de Markov à sauts réversibles a été mise en place dans le contexte de modèles bien connus en recherche clinique : le modèle de Cox et le modèle logistique. Une approche de sélection de modèle est proposée comme une alternative aux critères classiques dans le cadre de la régression spline. Enfin différentes applications des méthodes bayésiennes non paramétriques sont développées. Des algorithmes sont adaptés et implémentés afin de pouvoir appliquer de telles méthodes. Cette thèse permet de mettre en avant les méthodes bayésiennes de différentes façons dans le cadre de la recherche clinique au travers de plusieurs jeux de données.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Étiquettes directes de modèles (non validées)
Étiquettes de catégorie et de devis d'étude par modèle, issues des rondes d'étiquetage. C'est une sortie machine, non validée, et le désaccord entre modèles est livré comme donnée. Aucun devis ici n'est encore validé contre MEDLINE.
| Bras | Catégories | Devis d'étude | Confiance |
|---|---|---|---|
| gemma | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Méthodes Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Théorique ou conceptuel | low |
| gpt | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Méthodes Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Théorique ou conceptuel | high |
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,027 | 0,100 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,004 |
| Communication savante | 0,005 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,007 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéeÉtiqueté directement par 2 modèles lisant le dossier complet.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».