Decondensation of<i>Xenopus</i>sperm chromatin using<i>Saccharomyces cerevisiae</i>whole-cell extractsThis paper is one of a selection of papers published in this Special Issue, entitled The Nucleus: A Cell Within A Cell.
Notice bibliographique
Résumé
Biochemical studies using highly condensed Xenopus sperm chromatin and protein extracts prepared from multiple systems have lead to the identification of conserved proteins involved in chromosome decondensation. However, mutations to these proteins are unavailable as the systems used are not amenable to genetic studies. We took a genetic approach to isolating chromosome decondensation mutants by incubating Xenopus sperm chromatin with whole-cell extracts prepared from the Hartwell library of random temperature sensitive (ts) yeast cells. We show that decondensation of Xenopus sperm chromatin using wild type yeast extracts was rapid, ATP- and extract-dependent, and resistant to heat, N-ethylmaleimide, protease K, RNase A, and micrococcal nuclease. From 100 mutant extracts screened, we obtained one strain, referred to as rmc4, that was chromosome decondensation defective. The mutant was slow growing and exhibited germination defects. Low concentrations of rmc4 extract would eventually decondense sperm heads, and fractionation of the mutant extract produced a decondensation competent fraction, suggesting the presence of an overactive inhibitor in rmc4 cells. We performed a multicopy suppressor screen that identified PDE2, a gene encoding a protein that inhibits protein kinase A (PKA) activity. As PKA was previously shown in human cells to maintain condensed chromatin, our results suggest that PKA activity is elevated in rmc4 cells, causing a decondensation defect. Thus, our experiments reveal that yeast encodes an evolutionarily conserved chromosome decondensation activity that can be genetically manipulated.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».