Molecular epidemiology of Giardia duodenalis and Cryptosporidium spp on swine farms in Ontario, Canada
Notice bibliographique
Résumé
A subset of swine farms in Ontario, Canada have been monitored for Cryptosporidium and Giardia.Fecal samples were collected from different stages of production as well as from manure pits.G. duodenalis cysts and Cryptosporidium spp.oocysts were detected in the manure samples using immunofluorescence microscopy.A nested PCR and sequencing method was performed to determine the genotypes.A mixed multivariable method was used to compare the prevalence of Cryptosporidium and Giardia in samples from different sources.Cryptosporidium oocysts and Giardia cysts were recovered from 51.0% and 44.3% of samples, respectively.However, using PCR, 66.4% of fecal samples were positive for Giardia and 55.7% for Cryptosporidium.Cryptosporidium was more likely detected in manure pits and weaners compared to finisher pigs but it was less frequent in sows than in finishers (P < 0.05).Prevalence of Giardia was less frequent among sows and weaners compared to finisher pigs (P < 0.05).In total, 92% of the Giardia isolates were Assemblage B and 8% were Assemblage E. The most prevalent Cryptosporidium genotypes were C. parvum (55%) and pig genotype II (38%).Only one (2%) of the Cryptosporidium spp.isolates was determined to be C. suis.These findings indicate that the occurrence of zoonotic G. duodenalis and Cryptosporidium are very high on swine farms in southern Ontario, and that there is a potential for transmission between swine and humans by means of cyst and oocyst contaminated water or foods.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».