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Enregistrement W863411863 · doi:10.1371/journal.pcbi.1004303

Hydrophobic Gating of Ion Permeation in Magnesium Channel CorA

2015· article· en· W863411863 sur OpenAlexafffund
Chris Neale, Nilmadhab Chakrabarti, Paweł Pomorski, E.F. Pai, Régis Pomès

Notice bibliographique

RevuePLoS Computational Biology · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueIon channel regulation and function
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreOntario Institute for Cancer ResearchShared Hierarchical Academic Research Computing NetworkUniversity of WaterlooUniversity of TorontoHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesUniversity of TorontoCanadian Institutes of Health ResearchHospital for Sick ChildrenGovernment of OntarioCompute Canada
Mots-clésPermeationMagnesiumGatingWettingChemistryIonic bondingBiophysicsMembraneMolecular dynamicsIonChemical physicsChemical engineeringOrganic chemistryComputational chemistryBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Ion channels catalyze ionic permeation across membranes via water-filled pores. To understand how changes in intracellular magnesium concentration regulate the influx of Mg2+ into cells, we examine early events in the relaxation of Mg2+ channel CorA toward its open state using massively-repeated molecular dynamics simulations conducted either with or without regulatory ions. The pore of CorA contains a 2-nm-long hydrophobic bottleneck which remained dehydrated in most simulations. However, rapid hydration or "wetting" events concurrent with small-amplitude fluctuations in pore diameter occurred spontaneously and reversibly. In the absence of regulatory ions, wetting transitions are more likely and include a wet state that is significantly more stable and more hydrated. The free energy profile for Mg2+ permeation presents a barrier whose magnitude is anticorrelated to pore diameter and the extent of hydrophobic hydration. These findings support an allosteric mechanism whereby wetting of a hydrophobic gate couples changes in intracellular magnesium concentration to the onset of ionic conduction.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,600
Score d'incertitude au seuil0,336

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations56
Publié2015
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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