Evolution of Transcriptional Regulation of Duplicated Fatty Acid‐Binding Protein Genes by PPARs in Zebrafish: a Pharmacological Approach
Notice bibliographique
Résumé
Duplication of genes is thought to facilitate increasing organismal complexity. Duplicated genes may be retained in the genome if one of the duplicates acquires a novel function, or the functions of the ancestral gene are subdivided between the duplicates. A likely process for the retention of duplicates is the loss or gain of regulatory elements in the promoters of duplicated genes. The objective of this study was to explore the evolution of gene promoters using the multigene family of fatty acid‐binding proteins (fabp) in zebrafish. Previous studies had implicated the peroxisome proliferator‐activated receptors (PPARs) in the regulation of some fabp genes. The promoters of the zebrafish fabp1a , fabp1b.1 and fabp1b.2 genes, duplicated by a whole genome duplication (f abp1a and ancestral fabp1b ) followed by a tandem gene duplication ( fabp1b.1 and fabp1b.2 ), were cloned into firefly luciferase reporter plasmids, transfected into HEK cells, and tested in the presence of PPARα‐ and PPARγ‐selective agonists. Expression of these genes was further analyzed by qRT‐PCR in explant cultures of zebrafish liver and intestine treated with PPAR agonists. fabp1a expression was selectively increased by PPARα‐agonism in HEK cells and intestine. fabp1b.1 expression was selectively increased by PPARγ‐agonism in HEK cells and liver. fabp1b.2 promoter activity was not induced by PPAR modulation. The differential PPAR regulation of the duplicated fabp1 genes provide evidence of divergence of regulatory elements in these gene promoters, which may account for the retention of the duplicated fabp1 genes in the zebrafish genome. Funding from NSERC, CIHR, and Dalhousie University.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».