Categorical selection of the Ig CDR-H3 repertoire in splenic B cells (83.14)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract H chain CDR-H3 serves as the focus of the diveristy of the antibody repertoire. Repertoire development in the bone marrow is associated with a reduction of specific categories of CDR-H3, particularly those with excessive hydrophobic or polar (charged) amino acids and those with a length of eight or fewer amino acids. To test whether CDR-H3 selection continues within the spleen, we sorted B cells into transitional (T1), marginal zone (MZ) and follicular (FO) populations; cloned 364 unique, in-frame, open V7183DJCμ transcripts; and compared them to 509 previously obtained sequences from immature (IM) and mature, recirculating (MA) bone marrow B cells. The T1 CDR-H3 repertoire shared extensive similarity of length and loop amino acid hydrophobicity to that of IM CDR-H3s, whereas FO CDR-H3s most resembled that of MA B cells. MZ CDR-H3s averaged one half-codon shorter than IM and T1 CDR-H3s, and a full codon shorter than FO and MA CDR-H3s (p<0.05 and p<0.005, respectively). 13% (20/151) of MZ CDR-H3s contained 8 or fewer amino acids, versus only 4% (9/254) MB CDR-H3s [p<0.001]. MZ CDR-H3s were also enriched for highly charged CDR-H3s, representing 5.3% (8/151) of the transcripts versu only 0.4% (1/254)among MB CDR-H3s. Unlike the splenic F0 and bone marrow MA CDR-H3 repertoires, the MZ appears to be a reservoir for short and highly charged CDR-H3s amino acid motifs, including those with two or more arginines. The latter in particular has been associated with self-reactive specificities. Our findings suggest that specific categories of CDR-H3 sequence content may inhibit, permit, or even facilitate passage of the host B cell through critical checkpoints in central as well as peripheral development. Supported by HD043327, AI42732, and AI48115.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».