Identification of Interactions between Abscisic Acid and Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase
Notice bibliographique
Résumé
Abscisic acid ((+)-ABA) is a phytohormone involved in the modulation of developmental processes and stress responses in plants. A chemical proteomics approach using an ABA mimetic probe was combined with in vitro assays, isothermal titration calorimetry (ITC), x-ray crystallography and in silico modelling to identify putative (+)-ABA binding-proteins in crude extracts of Arabidopsis thaliana. Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (Rubisco) was identified as a putative ABA-binding protein. Radiolabelled-binding assays yielded a Kd of 47 nM for (+)-ABA binding to spinach Rubisco, which was validated by ITC, and found to be similar to reported and experimentally derived values for the native ribulose-1,5-bisphosphate (RuBP) substrate. Functionally, (+)-ABA caused only weak inhibition of Rubisco catalytic activity (Ki of 2.1 mM), but more potent inhibition of Rubisco activation (Ki of ~ 130 μM). Comparative structural analysis of Rubisco in the presence of (+)-ABA with RuBP in the active site revealed only a putative low occupancy (+)-ABA binding site on the surface of the large subunit at a location distal from the active site. However, subtle distortions in electron density in the binding pocket and in silico docking support the possibility of a higher affinity (+)-ABA binding site in the RuBP binding pocket. Overall we conclude that (+)-ABA interacts with Rubisco. While the low occupancy (+)-ABA binding site and weak non-competitive inhibition of catalysis may not be relevant, the high affinity site may allow ABA to act as a negative effector of Rubisco activation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».