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Enregistrement W949462550

Can localized impurities exert global effects on lipid model membranes

2015· dissertation· en· W949462550 sur OpenAlexfundno aff
Sherry S.W. Leung

Notice bibliographique

RevueSummit (Simon Fraser University) · 2015
Typedissertation
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLipid Membrane Structure and Behavior
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaSimon Fraser University
Mots-clésMembraneImpurityBiophysicsChemistryMaterials scienceBiochemistryBiologyOrganic chemistry
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The currently accepted model for cell membrane organization involves "lipid rafts"', which differ in composition from the surrounding lipid sea. The existence of these nano-scale heterogeneities is supported by observation of coexisting ordered and disordered lipid phases in lipid model membranes. Fluorescence is a popular family of techniques that can provide dynamic and structural information about membranes. With any probe method, characterization of the effects of fluorescent probe addition on the systems they are used to study is important for the interpretation of experimental data. Comparison can be made between labelled and unlabelled samples using a non-perturbing method, such as deuterium nuclear magnetic resonance spectroscopy (2H NMR). This thesis used 2H NMR to study the effects of an equipartitioning probe, Laurdan, and a non-equipartitioning probe, naphthopyrene, on a well-studied three-component lipid membrane system (35:35:30 dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DOPC)/dipalmitoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-D62 (DPPC-D62)/cholesterol) with a miscibility phase transition. In phase-separated membranes, 0.03-0.6% naphthopyrene disordered lipid chains of DPPC-D62 in the liquid-disordered phase, but not of those in the liquid-ordered phase. 0.1-2% Laurdan did not affect the DPPC-D62 in either phase in these membranes. Above the miscibility transition temperature (22 degrees Celsius), there is a single homogeneous liquid phase that is not perturbed by the addition of either probe. Laurdan is particularly well suited to the study of phase separation in lipid membranes. It partitions equally well into ordered and disordered lipid phases and displays a polarity-dependent emission spectral shift. Laurdan general polarization (GP) parameter, which characterizes said spectral shift, has been used to characterize membrane fluidity. Two-photon excitation microscopy Laurdan GP images were acquired for membranes with 0.2-2% Laurdan, and Laurdan GP values were found to be strongly correlated with dnmr methylene order parameters of DPPC-D62 in the liquid-ordered phase. Finally, photo-induced phase separation is known to occur in fluorescence microscopy experiments; however, our 2H NMR experiments showed that naphthopyrene can alter membrane properties in the absence of light. The fact that trace amounts of probe (e.g., 0.03-0.6% naphthopyrene) affect lipid molecular order has biological implications: biomolecules present in very small amounts are known to have important functions in cells.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,232
Écart entre enseignants0,224 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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