The Structures of COPII Coats and Cages
Notice bibliographique
Résumé
Coat protein complex II (COPII) vesicles are responsible for packaging and transporting over 10,000 different cargo molecules (about one‐third of the eukaryotic genome) of widely varying sizes and shapes from the endoplasmic reticulum (ER) to downstream compartments of the secretory pathway. Proteins involved in generating COPII vesicles include the GTPase Sar1, the cargo adaptor Sec23/24, and the cage scaffold Sec13/31. We previously showed that Sec13/31 can self‐assemble into a novel cuboctahedron cage, leading us to suggest that Sec13/31 may form cages of increasing size based on the simple rule that the geometry of the cage is dictated by four Sec13/31 heterotetramers combining to form a vertex. We have now solved the structure of an icosidodecahedral COPII coat assembled from both Sec13/31 and Sec23/24 by cryo‐electron microscopy (cryoEM) and single particle reconstruction. This new structure reveals for the first time the structure of the adaptor layer and reveals possible mechanisms for the coordination of adaptor interaction with cage formation and for the collection of cargo of varying size. We fit a crystal structure of the Sec13/31 heterotetramer into the cuboctahedron and icosidodecahedron structures, and this lead us to propose a molecular mechanism by which the COPII system can accommodate cargo of diverse sizes and shapes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».