Elucidating the function of the unknown Escherichia coli GTPase YjeQ through genetic interactions
Notice bibliographique
Résumé
The protein YjeQ is a small GTPase that associates with the 30S ribosomal subunit. The slow steady state GTPase activity of YjeQ of 10 h −1 is stimulated 160 fold by this interaction, implicating the ribosome as the site of YjeQ function in the cell. Although dispensable in both Escherichia coli and Bacillus subtilis , strains lacking this protein are severely comprised for growth. Additionally, we have shown that this protein is a virulence determinant in a Staphylococcus aureus mouse infection model, implicating it as a potential target for the development of new antimicrobial agents. In this study we are looking at the genetic interactions of yjeQ to more precisely determine its role in the cell. Two methods were used to identify genetic interactions with yjeQ . The first was a screen of overexpression strains for correction of the yjeQ deletion slow growth phenotype. Using this method all essential E. coli genes were screened as well as 40 non‐essential translation related genes. A number of suppressors were identified, with one third functioning in translation or ribosome biogenesis. The suppressors were further screened for mechanism of suppression, and infB , era , and glnS were found to partially correct a ribosome defect associated with yjeQ deletion. As a second method to identify genetic interactions with yjeQ , double deletion strains were created with yjeQ and the non‐essential translation related genes. These double deletions were characterized for growth and implicate a number of genes as functionally related to yjeQ . Using this data we are creating a network of genes that interact with yjeQ and if they function up‐ or downstream in the cell. This work was funded by CIHR.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».