SH2 and SH3 domain interactions and characterization of a novel protein POSH2
Bibliographic record
Abstract
Domeenit ovat valkuaisaineiden eli proteiinien itsenäisiä yksiköitä, joilla on tietty rakenne ja toiminta. Domeenit säätelevät soluissa monia proteiinien välisiä vuorovaikutuksia, jotka ovat tärkeitä solunsisäisessä viestinvälityksessä. Toiminnallisen viestivälityskoneistonsa avulla solu pystyy erilaistumaan, kasvamaan ja tarvittaessa myös kuolemaan. Ensimmäiset löydetyt domeenit kuuluivat Src homology-2 (SH2) ja SH3-domeeniperheisiin. Nämä molemmat domeenit ovat kehitysbiologisesti hyvin säilyneitä ja yleisiä solun proteiineissa. SH2-domeeni on noin 100 aminohappoa käsittävä yksikkö, joka sitoo kohdeproteiinissa fosforyloitunutta tyrosiiniaminohappoa ja sitä ympäröivää aluetta. Tyrosiinikinaasit, jotka vastaavat tyrosiiniaminohappojen fosforyloimisesta, luovat toiminnallaan sitoutumispaikkoja SH2-domeeneille. SH3-domeenit ovat puolestaan noin 60 aminohappoa käsittäviä domeeneja, jotka välittävät proteiinivuorovaikutuksia sitoutumalla kohdeproteiinissa olevaan proliinirikkaaseen alueeseen. SH3-domeenin sitoutuminen kohdeproteiiniin on yleisesti ottaen ajateltu olevan heikkoa voimakkuudeltaan (affiniteetti) ja spesifisyydeltään. \n \nTämän tutkimuksen tarkoituksena oli tutkia SH2- ja SH3-domeenien vuorovaikutuksia kohdeproteiineihin. Ensimmäisenä pääkohtana väitöskirjatyössä oli tutkia SH2-domeenien kykyä sitoa tyrosiinifosforyloituja ligandeja sekä solunäytteitä käyttämällä far Western- ja Rosette-menetelmiä. Tulokset vahvistivat SH2-domeenien olevan keskeisiä fosfotyrosiinia sitovia domeeneja ja SH2-domeenien havaittiin tunnistavan spesifisesti tiettyjä solun proteiineja. Tutkimuksessa käytettyjen menetelmien avulla voitiin saada sekä kvantitatiivista että kvalitatiivista tietoa SH2-domeenien sitoutumisesta. \n \nToisena pääkohtana väitöskirjatyössä oli selvittää ihmisgenomissa esiintyvät SH3-domeenit ja identifioida uusia SH3-kohdeproteiineja. Tätä varten kehitettiin SH3-kirjasto, jossa bakteriofaagien pinnalla ilmennettiin SH3-domeeneja. Tällä phage display-menetelmällä pystyttiin seulomaan SH3-domeeneja, jotka sitoutuivat korkealla affiniteetilla käytettyihin kohdeproteiineihin: p21-aktivoituvaan kinaasiin (PAK2), HI-viruksen Nef-proteiiniin ja proteiineja pilkkovaan ADAM15-proteiiniin. Tutkimuksessa kuvattiin uusia, aiemmin tuntemattomia vuorovaikutuksia näiden kolmen kohdeproteiinin ja eri SH3-domeenien välillä. Näistä vuorovaikutuksista esimerkkinä on PAK2:een korkealla affiniteetilla sitoutuva SH3-domeeni, jonka todettiin olevan osa aiemmin kirjallisuudessa kuvaamatonta POSH2-proteiinia. Lisäksi tutkimuksessa havaittiin myös muita SH3-domeeneja, jotka sitoutuivat kohdeproteiiniin spesifisesti ja korkealla affiniteetilla, mikä antaa viitteitä SH3-domeenien oletettua keskeisemmästä roolista solun signaalinvälityksessä. \n \nKolmantena pääkohtana oli karakterisoida uusi POSH-proteiiniperheenjäsen, POSH2, ja tutkia tämän proteiinin toiminnallisuutta. POSH2:n todettiin koostuvan neljästä SH3-domeenista, ubikitiini E3-ligaasiaktiivisuuden sisältämästä RING-domeenista sekä aktiivista GTPaasi-proteiinia, Rac1:tä, sitovasta alueesta. Tutkimuksessa selvitettiin tarkemmin POSH2:n rakenteellisten muutosten vaikutusta Rac1:n sitoutumiseen sekä POSH2:n vaikutusta JNK-kinaasiaktivaatioon. Tutkimustulokset vahvistavat POSH2:n yhtäläisyyttä aiemmin tunnettuihin POSH-proteiineihin ja tuloksien avulla voitiin havaita Rac1:n ja POSH2:n välisen vuorovaikutuksen olevan keskeinen JNK-välitteisessä viestinvälityksessä. Tutkimuksessa havaittu POSH2:n monitoimintainen rooli solussa antaa lähtökohdan proteiinin jatkotutkimukselle. \n \nTulokset antavat uutta tietoa SH2- ja SH3-domeenien vuorovaikutuksista yksittäisiin ligandeihin ja luonteenpiirteistä toimia domeeniperheinä.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.001 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".