Characterizing the staufen 1 human immunodeficiency virus type 1 ribonucleoprotein
Bibliographic record
Abstract
Le virus d'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) est un membre de la famille de Rétrovirus et est responsable du syndrome d'immunodéficience acquise (SIDA). Considéré comme un parasite intracellulaire obligatoire, le VIH-1 utilise les protéines et les machineries cellulaires pour assurer la transmission aux cellules non infectées. Un des facteurs impliqués dans les étapes finales de réplication virale est la protéine Staufen1. Cette protéine est un composant important des ARNm ribonucléoprotéiques et joue des rôles clés dans le transport, la traduction et la dégradation de l'ARNm. Concernant le VIH-1, Staufen1 a été initialement découvert comme étant spécifiquement encapsidé dans les virions. Des travaux plus approfondis ont déterminé son association avec l'ARNv et le précurseur Gag dans les VIH-1 RNPs. Récemment, nous avons démontré que Staufen1 régule le processus d'assemblage viral en induisant le multimérisation de Gag.Dans le travail présent, nous avons employé la méthode de purification d'affinité en tandem suivie de la spectrométrie de masse pour caractériser les RNPs contenus dans Staufen1. Nous nous sommes concentrés sur la recherche des protéines qui s'associent aux complexes Staufen1 isolés des cellules qui expriment ou non VIH-1. Ensuite, nous avons effectué une comparaison détaillée du contenu protéique entre Staufen1 sous forme native et Staufen1 complexé au RNPs VIH-1 et nous avons défini les modulations causées par l'expression de VIH-1.Nous avons utilisé les méthodes de complémentation par fluorescence bimoléculaire et trimoleculaire qui permettent la visualisation et la localisation directes des interactions protéine-protéine et des interactions protéine-protéine et d'ARN dans des cellules vivantes, pour prouver que Gag et Staufen1 interagissent comme démontré par la fluorescence ponctuée ou les vésicules dans les cellules. Nous avons démontré que les protéines partenaires s'associent principalement dans le cytoplasme. Cependant, nous avons également constaté qu'ils interagissent dans des microdomaines membranaires contenant du cholestérol enrichis en GM-1. De manière importante, Gag recrute spécifiquement Staufen1 au niveau de ces membranes de radeaux lipidiques, suggérant une fonction essentielle de ce facteur d'hôte pendant l'assemblage de Gag. En particulier, des expériences de TriFC dans lesquelles une protéine partenaire est attachée à l'ARNm ont permis de montrer des interactions Gag-Staufen1 indiquant un recrutement actif des protéines lorsqu'elles sont attachées à l'ARNm.De façon générale, les travaux présentent des recherches de protéomique fondamentale et de visualisation de cellules vivantes d'interaction virus-hôte. Ces expériences présentent la caractérisation complète de la composition de Staufen1 RNPs et démontre comment le VIH-1 s'adapte pour ses propres besoins. Cette thèse s'enrichit également de notre compréhension des mécanismes et des caractéristiques dynamiques spécifiques des interactions virus- hôte (Gag-Staufen1) dans des cellules vivantes, contrôlées par des techniques récentes de complémentation de fluorescence. Les résultats présentés ici sont considérables et contribuent à l'avancée des recherches dans le domaine du VIH-1, parce qu'une meilleure compréhension du mécanisme de l'ensemblage et du bourgeonnement du rétrovirus augmente la possibilité de développer de nouvelles thérapies antivirales, visant les étapes tardives critiques du cycle viral de réplication.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.001 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.001 | 0.001 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".