Desenvolvimento de testes de detecção e quantificação do vírus da Hepatite B em amostras de soro e fluido oral
Bibliographic record
Abstract
A detecção e quantificação do DNA do vírus da hepatite B (HBV) são importantes para o diagnóstico da infecção, definição e monitoramento do tratamento antiviral. Entretanto o diagnóstico molecular é difícil em áreas remotas ou com poucos recursos devido ao custo dos métodos comerciais e pouca infra-estrutura para coleta, armazenamento e transporte de amostras de sangue. O objetivo deste estudo foi desenvolver um método para quantificação do DNA do HBV em amostras de soro e fluido oral, e avaliar um método qualitativo \201Cin house\201D para detecção do DNA do HBV em comparação com métodos comerciais disponíveis no mercado. Amostras pareadas de soro e fluido oral foram obtidas de 116 indivíduos, onde 66 eram reagentes para HBsAg no soro e 50 não apresentavam nenhum marcador sorológico no soro. As amostras de soro foram submetidas a testes imunoenzimáticos para detecção de marcadores sorológicos do HBV (HBsAg, anti-HBc, anti-HBs, anti-HBcIgM, anti-HBe e HBeAg) e ao PCR em tempo real para quantificação do DNA do HBV (COBAS TaqMan HBV, Roche). O DNA do HBV foi extraído utilizando o conjunto de reagentes \201CHigh Pure Viral Nucleic Acid kit\201D (Roche Diagnostics, EUA) em amostras de soro e \201CRTP® DNA/RNA Virus Mini kit\201D (Invitek, Alemanha) para amostras de fluido oral Para a detecção qualitativa do HBV foi realizada uma PCR com iniciadores para o gene do core, e para detecção quantitativa do HBV foi utilizada a metodologia de PCR em tempo real com sondas TaqMan® na plataforma Line-Gene 9600 (Bioer Serves Life, Canada). Para obtenção da curva de quantificação foi construído um plasmídeo recombinante obtido a partir de amostras padrão do painel de quantificação do HBV (Optiquant HBV, Acrometrix, Life Technologis, EUA). As seguintes condições da PCR em tempo real foram avaliadas: concentração de DNA (5 e 7,5\03BCL), temperatura de hibridização (60°C e 62°C), e números de ciclos (40 e 45 ciclos). A sensibilidade analítica da PCR em tempo real foi estimada em 10 cópias de HBV DNA/mL e a faixa de quantificação abrangeu cerca de 8 logs de 10. Para quantificação do DNA do HBV em soro e fluido oral foi necessário o aumento da temperatura de hibridização, e para o fluido oral também foi necessário o aumento da concentração de DNA (7,5 \03BCL) e do número de ciclos (45). Entre as amostras de soro HBsAg reagentes, 64 foram quantificadas pela PCR em tempo real comercial e 28 pelo teste quantitativo \201Cin house\201D com carga viral média igual a 3,993 ± 1,922 e 3,761± 1,829 log cópias de HBV DNA/mL (r=0,7643; p<0,0001), respectivamente, e concordância de 37,87% Por outro lado, 8 amostras de fluido oral amplificaram pelo método quantitativo \201Cin house\201D, com carga viral média igual a 4,459 ± 1,127 log cópias de HBV DNA/mL (r=- 0,2994; p= 0,9453). A PCR qualitativa \201Cin house\201D foi capaz de detectar o DNA do HBV em 50 amostras de soro HBsAg reagentes apresentando 75% de concordância com o teste comercial quantitativo (p=1,000), porém somente uma amostra de fluido oral foi detectada por este método. Concluímos que as metodologias qualitativa e quantitativa para detecção do DNA do HBV analisadas neste estudo apresentaram boa eficiência em amostras de soro, porém não foram eficientes em amostras de fluido oral. Estas metodologias podem ser bastante úteis para detecção molecular do HBV em áreas com recursos limitados
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How this classification was reachedexpand
Full frame distilled prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. Learned from the 10,348 direct Codex labels and 10,348 direct Gemma labels. Candidate is the union of thresholded teacher heads; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels or direct frontier model labels.
Codex and Gemma teacher scores by category
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.002 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.002 | 0.002 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.003 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.002 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.001 |
| Open science | 0.001 | 0.000 |
| Research integrity | 0.001 | 0.002 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.006 | 0.002 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; both teacher heads agree on what is shown here.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".