Validierung von Housekeeping Genen für Genexpressionsanalysen im fetalen Gewebe
Bibliographic record
Abstract
Fragestellung: Die pränatale Glukokortikoidexposition im Rahmen der Lungenreifeinduktion führt zu einer dosisabhängigen Geburtsgewichtsreduktion. Eine besondere Rolle scheint hierbei die fetale Leber mit Expression von wichtigen Wachstumsfaktoren einzunehmen. Ziel dieser Arbeit war es, interne Referenz-Gene (ICG) in der fetalen Leber des Schafes zu identifizieren, die zur Normalisierung der Expressionsdaten von Zielgenen verwendet werden können. Methodik: Die in der Literatur angegebenen ICG (ACTB, HPRT1, RPLP0, PPIA, TUBB, 18S) wurden bezüglich ihrer Expressionsstabilität in fetalen Leberproben (n = 106) nach Dexamethason (DEX)-Behandlung in der Frühschwangerschaft (Tag 40 – 42, 0,14 mg/kg) und in Kontrolltieren (2 ml NaCl) an den Schwangerschaftstagen 50,100,125 und 140 mittels qRT-PCR untersucht (geNorm-Software). Ergebnis: In den Kontrolltieren zeigten sich im Schwangerschaftsverlauf signifikante Veränderungen in der mRNA-Expression von ACTB, HPRT1, RPLP0, PPIA und TUBB mit niedrigsten Werten am Tag 140 (p < 0,05). Die DEX-Therapie resultierte in einer sig. Reduktion der TUBB mRNA-Expression bei den weiblichen Feten am Tag 125. Hinsichtlich der Therapie und des Geschlechts waren die Gene HPRT1 und PPIA nicht reguliert und wiesen sich als stabile ICG aus. ACTB und TUBB sind als ICG in der Schafsleber nicht geeignet. In Abhängigkeit von der optimalen bzw. suboptimalen Kombination der ausgewählten ICG konnten sig. Unterschiede in der Expression der untersuchten Zielgene beobachtet werden. Schlussfolgerung: Wir konnten zeigen, dass die traditionellen ICG im Verlauf der Schwangerschaft sowie durch die DEX-Behandlung teilweise reguliert werden. Die Verwendung als ICG zur Normalisierung von Zielgenen würde bei unkritischer Auswahl somit zu einer Verfälschung der Messergebnisse führen. Wir empfehlen die Verwendung von mehreren ICG zur validen Normalisierung und halten es für unerlässlich, für jede Spezies und Versuchsmodell individuell die optimale Kombination von ICG zu etablieren.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.007 | 0.010 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.001 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.001 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.002 | 0.002 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.002 |
| Scholarly communication | 0.002 | 0.001 |
| Open science | 0.001 | 0.001 |
| Research integrity | 0.001 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.003 | 0.002 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".