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Record W2547528793 · doi:10.82308/55278

The contribution of recurrent BRCA2 mutations in unselected French Canadian ovarian cancer cases

2014· article· en· W2547528793 on OpenAlexaboutno aff
Lena Dolman

Bibliographic record

VenueeScholarship@McGill (McGill) · 2014
Typearticle
Languageen
FieldBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
TopicBRCA gene mutations in cancer
Canadian institutionsnot available
Fundersnot available
KeywordsGynecologyOvarian cancerMedicineFrenchCancerPolitical scienceGenealogyHistoryLinguisticsInternal medicinePhilosophy

Abstract

fetched live from OpenAlex

Le cancer de l'ovaire (CO) est le cancer gynécologique le plus mortel au Canada. Dans la population Canadienne-Française (CF) du Québec, les fondateurs ont contribué à l'émergence de mutations récurrentes dans le gène de susceptibilité des cancers du sein et de l'ovaire, BRCA2, dont parmi elles, des mutations qui confèrent une augmentation significative du risque de développer un CO. En 1999, notre groupe a montré que quatre mutations récurrentes dans BRCA2 comptaient pour 3% des CO chez les patients CF non-sélectionnés sur une base historique de cancer familial. Néanmoins, due à l'expansion subséquente du spectre des mutations CF fondatrices connues et à la meilleure compréhension de l'histopathologie du CO, l'hypothèse de la présente étude est que la fréquence des mutations, initialement évaluée à 3%, est une sous-estimation. Cette thèse a donc deux objectifs : 1) évaluer si les mutations récurrentes chez les familles CF, ayant une base historique de cancer du sein et de l'ovaire familial, le sont aussi dans les cas de CO des patients CF non-sélectionnés, en testant une cohorte de 568 cas d'un histotype spécifique (groupe 1) pour les trois mutations BRCA2 les plus fréquentes dans la population CF; et 2) générer une nouvelle estimation de la fréquence des mutations dans BRCA2 chez les patients CF avec CO, en testant un panel élargi de huit mutations CF de BRCA2 dans une cohorte cliniquement bien définie de 121 cas de CO d'un histotype spécifique (groupe 2). Des tests PCR ont étaient utilisés pour détecter dans le groupe 1 les mutations fondatrices 8765delAG, G6085T, and 3398delAGAAA de BRCA2, alors que la technologie des puces à billes microscopiques d'analyse multiplexe, connue comme la plateforme Luminex, a permis la détection de huit variants de séquences CF de BRCA2 dans le groupe 2 (8765delAG, G6085T, 3398del5, 2816insA, 3034del4, 3773delTT, 6503delTT, and E3002K). Les fréquences des mutations résultantes ont été statistiquement comparées avec celles générées par deux études précédentes sur des cas de CO dans la population CF de Montréal. Les résultats suggèrent que les mutations BRCA2 fondatrices se retrouvent dans les cas de CO non-sélectionnés, et que la fréquence des mutations fut sous-estimée à l'origine, puisque les huit mutations BRCA2 testées comptent pour 5.2% des cas de CO dans la population CF non-sélectionnée. De manière intéressante, les trois plus fréquentes mutations fondatrices comptent uniquement pour 50% des mutations du groupe 2, ce qui suggère une plus grande hétérogénéité génétique qu'initialement perçue. Ces résultats encouragent le test génétique de BRCA2 pour tous les patients CF diagnostiqués avec un CO, ainsi qu'aux membres de leur famille, pour leur permettre de bénéficier de stratégies sur mesure de gestion et de prévention fondées sur leurs informations génétiques.

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame machine prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.

metaresearch head score (Codex)0.001
metaresearch head score (Gemma)0.005
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesnone
Consensus categoriesnone
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Observational · Consensus signal: Observational
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.039
Threshold uncertainty score0.095

Distilled classifier scores by category (both heads)

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0010.005
Meta-epidemiology (narrow)0.0000.000
Meta-epidemiology (broad)0.0000.000
Bibliometrics0.0040.003
Science and technology studies0.0020.001
Scholarly communication0.0010.000
Open science0.0010.001
Research integrity0.0010.000
Insufficient payload (model declined to judge)0.0020.000

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.011
GPT teacher head0.252
Teacher spread0.241 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.

The models applied no category: nothing in the taxonomy fit this work.
Study designObservational
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

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Published2014
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