Nasal-Swab Results for Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus and Associated Infections
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Abstract
<p><strong>ABSTRACT</strong></p><p><strong>Background:</strong> Nasal-swab screening for methicillin-resistant Staphylo coccus aureus (MRSA) has a quicker turnaround time than other bacterial culture methods, with results available within 24 h. Although MRSA nasal-swab screening is not intended to guide antimicrobial therapy, this method may give clinicians additional information for earlier tailoring of empiric antimicrobial agents.</p><p><strong>Objective:</strong> To describe the diagnostic characteristics of nasal-swab screening in predicting MRSA infections in hospitalized patients receiving empiric treatment with IV vancomycin.</p><p><strong>Methods:</strong> A retrospective observational chart review was conducted for newly admitted adult patients of the Peter Lougheed Centre in Calgary, Alberta, who were treated empirically with IV vancomycin from January to October 2015 and who underwent nasal-swab screening for MRSA. The diagnostic characteristics of nasal-swab screening were calculated in relation to corresponding culture results for samples collected on admission.</p><p><strong>Results:</strong> For the 273 patients included in this study, nasal-swab screening for MRSA showed the following diagnostic characteristics in relation to bacterial culture results: sensitivity 58.3% (95% confidence interval [CI] 28.6%–83.5%), specificity 93.9% (95% CI 90.0%–96.3%), positive predictive value 30.4% (95% CI 14.1%–53.0%), negative predictive value 98.0% (95% CI 95.1%–99.3%), positive likelihood ratio 9.5 (95% CI 4.9–18.7), and negative likelihood ratio 0.4 (95% CI 0.2–0.9).</p><p><strong>Conclusions:</strong> Given the high specificity of this rapid method, clinicians should ensure that patients who are receiving empiric treatment for MRSA infection and who have a positive result on nasal-swab screening continue to receive MRSA coverage until culture results are available. In addition, the high negative predictive value and positive likelihood ratio for nasal-swab screening in a low-prevalence setting suggest that a negative result significantly reduces the probability of MRSA infection. Although nasal-swab screening for MRSA is currently used for determining isolation precautions, this method also had utility in helping clinicians to predict the probability of MRSA infection and in guiding decisions about antimicrobial therapy.</p><p><strong>RÉSUMÉ</strong></p><p><strong>Contexte :</strong> Le dépistage du Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) par écouvillonnage nasal procure des résultats d’examen plus promptement que les autres techniques de culture bactérienne, les résultats étant disponibles dans les 24 heures. Bien que les résultats du dépistage du SARM par écouvillonnage nasal ne soient pas destinés à guider le choix de traitement antimicrobien, cette technique peut fournir aux cliniciens des informations supplémentaires leur permettant de préciser plus rapidement les antibiothérapies empiriques adéquates.<strong> </strong></p><p><strong>Objectif :</strong> Présenter les caractéristiques diagnostiques du dépistage par écouvillonnage nasal comme outil servant à prédire les infections à SARM chez les patients hospitalisés qui reçoivent un traitement empirique de vancomycine par voie intraveineuse.</p><p><strong>Méthodes :</strong> On a mené une analyse d’observation rétrospective au moyen des dossiers médicaux de patients adultes nouvellement admis au Peter Lougheed Centre à Calgary, en Alberta, ayant reçu un traitement empirique de vancomycine par voie intraveineuse entre janvier 2015 et octobre 2015 et ayant subi un dépistage du SARM par écouvillonnage nasal. Les caractéristiques diagnostiques du dépistage par écouvillonnage nasal ont été obtenues par comparaison avec les résultats de culture correspondants qui provenaient des échantillons recueillis à l’admission.<strong> </strong></p><p><strong>Résultats :</strong> Pour ce qui est des 273 patients retenus pour la présente étude, le dépistage du SARM par écouvillonnage nasal a affiché les caractéristiques diagnostiques suivantes comparativement aux résultats des cultures bactériennes : sensibilité de 58,3 % (intervalle de confiance [IC] à 95 % de 28,6 % à 83,5 %), spécificité de 93,9 % (IC à 95 % de 90,0 % à 96,3 %), valeur prédictive positive de 30,4 % (IC à 95 % de 14,1 % à 53,0 %), valeur prédictive négative de 98,0 % (IC à 95 % de 95,1 % à 99,3 %), rapport de vraisemblance positif de 9,5 (IC à 95 % de 4,9 à 18,7) et rapport de vraisemblance négatif de 0,4 (IC à 95 % de 0,2 à 0,9).</p><p><strong>Conclusions :</strong> Compte tenu de la spécificité élevée de cette technique rapide, les cliniciens devraient s’assurer que les patients qui reçoivent un traitement empirique pour une infection à SARM et dont le résultat du dépistage du SARM par écouvillonnage nasal se révèle positif continuent à être traités contre le SARM jusqu’à l’obtention des résultats de culture. De plus, la valeur prédictive négative élevée et le rapport de vraisemblance positif élevé associés au dépistage par écouvillonnage nasal dans un contexte de faible prévalence suggèrent qu’un résultat négatif réduit de façon significative les probabilités d’infection à SARM. Enfin, bien que le dépistage du SARM par écouvillonnage nasal soit présentement utilisé pour déterminer les précautions à prendre concernant l’isolation, ce type d’analyse avait aussi le potentiel d’aider les cliniciens à prévoir les probabilités d’infection à SARM et de guider leur choix quant à l’antibiothérapie.</p>
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Full frame distilled prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. Learned from the 10,348 direct Codex labels and 10,348 direct Gemma labels. Candidate is the union of thresholded teacher heads; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels or direct frontier model labels.
Codex and Gemma teacher scores by category
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.005 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.002 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.000 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one teacher head, not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".