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Record W2799774141 · doi:10.4212/cjhp.v71i2.1862

Urosepsis Due to Extended-Spectrum ß-Lactamase–Producing Escherichia coli: A Retrospective, Single-Centre Review of Risk Factors and Clinical Outcomes

2018· article· en· W2799774141 on OpenAlexaffvenueabout
Yi-Wenn Yvonne Huang, Alison Alleyne, Vivian Leung, Michael Chapman

Bibliographic record

VenueThe Canadian Journal of Hospital Pharmacy · 2018
Typearticle
Languageen
FieldBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
TopicAntibiotic Resistance in Bacteria
Canadian institutionsSurrey Memorial Hospital
Fundersnot available
KeywordsMedicineRetrospective cohort studyIncidence (geometry)EnterobacteriaceaeOdds ratioPopulationInternal medicineMultivariate analysisCumulative incidenceMicrobiologyCohortEscherichia coliBiologyEnvironmental health

Abstract

fetched live from OpenAlex

ABSTRACT Background: Extended-spectrum ß-lactamase (ESBL)–producing Enterobacteriaceae are pathogens that are implicated in urosepsis and may be associated with greater morbidity and mortality than non-ESBL Enterobacteriaceae. Identification of risk factors for ESBL infection may facilitate the selection of appropriate empiric therapy. Objectives: The primary objectives were to determine the cumulative incidence of ESBL urosepsis, to identify major risk factors for ESBL urosepsis, and to determine the impact of international travel on development of ESBL urosepsis in an ethnically diverse Canadian population. The secondary objective was to characterize the outcomes of patients with ESBL urosepsis. Methods: A single-centre retrospective nested case–control study was conducted from January 2011 to June 2013. The study cohort consisted of adult patients with urosepsis and positive results on blood culture for ESBL-producing and non–ESBL-producing Enterobacteriaceae. Multivariate analysis was then used to determine risk factors for ESBL urosepsis. Results: The cumulative incidence of ESBL urosepsis at the study site was 19.4% (58/299) over 2.5 years. The 58 cases of ESBL urosepsis were compared with 118 controls (patients with urosepsis caused by non-ESBL Enterobacteriaceae). Significant predictors of ESBL urosepsis were chronic renal insufficiency (odds ratio [OR] 4.66, 95% confidence interval [CI] 1.96–11.08; p < 0.001) and travel to an endemic region in the previous 6 months (OR 4.62, 95% CI 1.17–18.19; p = 0.029), as well as Punjabi or Hindi as the primary language (OR 3.25, 95% CI 1.45–7.29; p = 0.004) and male sex (OR 2.65, 95% CI 1.21–5.80; p = 0.015). Patients with ESBL urosepsis had worse prognosis—in terms of death or discharge with palliative measures only—than those with non-ESBL urosepsis (7/58 [12.1%] versus 4/118 [3.4%]; p = 0.042). Conclusions: Institution-specific data support prompt recognition of patients at risk for ESBL infections. Chronic renal insufficiency, recent travel to regions endemic for ESBL-producing organisms, primary language of Punjabi or Hindi, and male sex were the strongest risk factors for ESBL urosepsis at the study centre. However, findings from this single-centre study may not be generalizable to other institutions. RÉSUMÉ Contexte : Les entérobactériacées productrices de ß-lactamases à spectre étendu (BLSE) sont des pathogènes en cause dans les cas d’urosepsie et peuvent être associées à des taux de morbidité et de mortalité supérieurs à ceux liés aux entérobactériacées ne produisant pas de BLSE. L’identification des facteurs de risque pour l’infection à BLSE pourrait faciliter le choix d’une antibiothérapie empirique appropriée. Objectifs : Les objectifs principaux étaient de déterminer l’incidence cumulative des cas d’urosepsie à BLSE, d’identifier les facteurs de risqué importants d’urosepsie à BLSE et de découvrir les effets des voyages à l’étranger sur l’apparition d’urosepsie à BLSE dans une population multiethnique canadienne. L’objectif secondaire était d’offrir un portrait de l’issue des patients atteints d’urosepsie à BLSE. Méthodes : Une étude cas-témoins emboîtée rétrospective a été menée dans un seul centre entre janvier 2011 et juin 2013. La cohorte était composée de patients adultes atteints d’urosepsie dont les résultats d’hémoculture étaient positifs pour des entérobactériacées produisant des BLSE ou pour des entérobactériacées ne produisant pas de BLSE. Une analyse multivariée a ensuite été utilisée afin de discerner les facteurs de risque pour l’urosepsie à BLSE. Résultats : L’incidence cumulative des cas d’urosepsie à BLSE dans l’établissement à l’étude était de 19,4 % (58/299) sur 2,5 ans. Les 58 cas d’urosepsie à BLSE ont été comparés à 118 témoins (des patients atteints d’urosepsie causée par des entérobactériacées ne produisant pas de BLSE). Les meilleures variables explicatives d’urosepsie à BLSE étaient : l’insuffisance rénale chronique (risque relatif approché [RRA] de 4,66, intervalle de confiance [IC] à 95 % de 1,96–11,08; p < 0,001) et les voyages dans une région endémique au cours des six derniers mois (RRA de 4,62, IC à 95 % de 1,17–18,19; p = 0,029) ainsi que le punjabi ou l’hindi comme langue principale (RRA de 3,25, IC à 95 % de 1,45–7,29; p = 0,004) et le sexe masculin (RRA de 2,65, IC à 95 % de 1,21–5,80; p = 0,015). Les patients atteints d’urosepsie à BLSE présentaient un pronostic plus sombre – en ce qui touche le décès ou le congé avec pour seule prescription des mesures palliatives – que ceux atteints d’urosepsie causée par des entérobactériacées non productrices de BLSE (7/58 [12,1 %] contre 4/118 [3,4 %], p = 0,042). Conclusions : Des données propres à l’établissement incitent à dépister rapidement les patients à risque d’infection à BLSE. L’insuffisance rénale chronique, les voyages récents dans des régions où les organismes producteurs de BLSE sont endémiques, le punjabi ou l’hindi comme langue principale et le sexe masculin représentaient les facteurs de risques les plus importants pour l’urosepsie à BLSE au centre à l’étude. Cependant, il se pourrait que les résultats provenant de la présente étude réalisée dans un seul centre ne puissent pas être généralisés à d’autres établissements.

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame machine prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.

metaresearch head score (Codex)0.001
metaresearch head score (Gemma)0.004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesnone
Consensus categoriesnone
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Observational · Consensus signal: Observational
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.079
Threshold uncertainty score0.157

Distilled classifier scores by category (both heads)

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0010.004
Meta-epidemiology (narrow)0.0000.000
Meta-epidemiology (broad)0.0010.001
Bibliometrics0.0030.006
Science and technology studies0.0010.000
Scholarly communication0.0010.001
Open science0.0010.001
Research integrity0.0010.000
Insufficient payload (model declined to judge)0.0010.000

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.017
GPT teacher head0.296
Teacher spread0.279 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.

The models applied no category: nothing in the taxonomy fit this work.
Study designObservational
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

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Citations11
Published2018
Admission routes3
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