Augmentation des infections invasives à Neisseria meningitidis de sérogroupe W au Canada de 2009 à 2016
Bibliographic record
Abstract
Contexte : Depuis 2010, on observe une augmentation des infections à N. meningitidis de sérogroupe W (MenW) dans de nombreux pays en raison de l'émergence d'isolats appartenant au complexe clonal de séquence type (ST) 11.En 2016, une légère augmentation des infections à MenW dues au complexe clonal ST-11 a été signalée en Ontario, au Canada.Objectif : Examiner les tendances relatives à l'infection à MenW au Canada et évaluer s'il y a eu des modifications du type de complexe clonal ST causant les infections à MenW entre 2009 et 2016.Méthodologie : Des isolats invasifs de N. meningitidis régulièrement envoyés au Laboratoire national de microbiologie ont été analysés.La répartition proportionnelle de MenW par rapport à celle d'autres sérogroupes a été calculée.Les isolats de MenW ont ensuite été caractérisés davantage en fonction du sérotype, du sous-type sérologique et du complexe clonal ST.La répartition géographique du complexe clonal ST-11 émergent a été documentée et l'âge des patients infectés par MenW du complexe clonal ST-11 a été comparé à celui des patients infectés par MenW du complexe clonal traditionnel ST-22.Résultats : Sur les 888 isolats invasifs examinés, 63 étaient des isolats de MenW, ce qui équivaut à un taux annuel moyen de 7,1 %.Toutefois, le pourcentage d'isolats de MenW est passé de 2,7 % en 2012 à 18,8 % en 2016.De 2009 à 2013, 91 % des isolats de MenW ont été identifiés par typage comme appartenant au complexe clonal ST-22 traditionnel, alors que de 2014 à 2016, 75 % des isolats ont été identifiés comme appartenant au complexe clonal ST-11 émergent.La présence du complexe clonal ST-11 a été documentée dans cinq provinces du Canada (Colombie-Britannique, Alberta, Manitoba, Ontario et Québec).L'âge médian des patients infectés par MenW du complexe clonal ST-11 émergent était de 53,5 ans, alors qu'il était de 23,5 ans chez les patients infectés par MenW du complexe clonal ST-22 traditionnel.Conclusion : La prévalence de la méningococcie à MenW augmente au Canada et est associée à une augmentation des cas attribuables au complexe clonal ST-11 émergent, qui a maintenant été identifié dans cinq provinces canadiennes.Il semble plus courant chez les patients âgés que le complexe clonal ST-22 traditionnel, plus répandu chez les jeunes patients.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.003 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.002 | 0.002 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.001 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.005 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".