ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ ВАКЦИННОГО СУБШТАММА BCG RUSSIA В КОНТРОЛЕ ПРОИЗВОДСТВА И ПОСТВАКЦИНАЛЬНЫХ ОСЛОЖНЕНИЙ, "Вестник Центрального научно-исследовательского института туберкулеза"
Bibliographic record
Abstract
Введение БЦЖ (Бацилла-Кальмета-Герена) вакцина - единственная разрешенная к применению, позволяющая противостоять Mycobacterium tuberculosis. Разработка международных требований к производству и контролю БЦЖ вакцины находится под контролем экспертного комитета ВОЗ по биологической стандартизации (Expert Committee on Biological Standardization, ECBS). В 2009 г. ECBS учредил референсы ВОЗ для БЦЖ вакцины на основе трех субштаммов: Danish1331, Tokyo 172-1 и Russian BCG-I, а также требования к контролю, включающие генетическую характеристику произведенных и посевных серий вакцинного субштамма. Согласно требованиям ВОЗ и надлежащей производственной практики (GMP) было выполнено секвенирование трех посевных серий BCG Russia на платформе 454 Roche в нашей лаборатории. БЦЖиты (лимфадениты, остеомиелиты - осложнения при вакцинации БЦЖ) составляют 1% у здоровых реципиентов, однако занимают третье место среди поствакцинальных осложнений в Российской Федерации. Цель наших исследований заключалась в выявлении генетических особенностей субштамма BCG Russia для разработки экспресс-типирования при осложнениях. Методы Полногеномное секвенирование на платформе 454 Roche. MIRU-VNTRplus database для анализа отличий в профилях BCG субштаммов. Набор биоинформационных ресурсов для аннотирования и исследования геномов. Результаты Геном BCG Russia 368 был секвенирован и депонирован в GenBank (Accession Number NZ_CP009243.1). Сравнение геномов последней генерации субштамма и двух предшествующих продемонстрировало стабильность субштамма BCG Russia. Отличие от ближайшего раннего субштамма BCG Tokyo 172 включало 2 RD (region of difference): инсерцию 22 bp и делецию 1602 bp, десять ins/del (1-9 bp) и 52 SNP. Профиль выявленных профагов в геномах M. bovis и M. bovis BCG отражал эволюцию вакцинных субштаммов. Геномы M. bovis содержали профаги 7.5 и 20.3 kb, ранние BCG субштаммы имели профаги 7.5 and 11.2 kb. Большинство поздних субштаммов утратило профаг 11.2 kb. Исключение составили BCG Montreal and BCG Tice, в геномах которых выявлено 6 и 15 профагов, соответственно. Анализ 27 MIRU-VNTR локусов в геноме BCG Russia 368, их сравнение с профилями локусов штаммов M. bovis и BCG субштаммов в MIRU-VNTRplus database позволили обосновать специфичность семи локусов для субштамма BCG Russia. Мы выбрали Mtub21 и Mtub04 - локусы без повторов в геноме BCG Russia, Mtub-30, QUB-26, QUB-323222 -наиболее вариабельные среди M. bovis и M. bovis BCG, и VNTR-3820 и VNTR-4120 как гипервариабельные локусы. Фрагмент анализ этих локусов позволит провести экспресс тестирование при БЦЖитах. Заключение Полногеномное секвенирование - успешный подход в сравнении близкородственных субштаммов и в выявлении специфических локусов для диагностической панели.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.003 | 0.004 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.002 | 0.002 |
| Science and technology studies | 0.002 | 0.002 |
| Scholarly communication | 0.005 | 0.002 |
| Open science | 0.001 | 0.002 |
| Research integrity | 0.002 | 0.002 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.010 | 0.004 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".