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Record W2909061985 · doi:10.71781/30919

Mécanismes moléculaires de régulation de l’interaction SOCS1-p53 et leurs impacts sur la suppression tumorale

2018· dissertation· fr· W2909061985 on OpenAlexfundno aff
Emmanuelle Saint‐Germain

Bibliographic record

VenueOpen MIND · 2018
Typedissertation
Languagefr
FieldMedicine
TopicCytokine Signaling Pathways and Interactions
Canadian institutionsnot available
FundersGenome Canada
KeywordsHumanitiesPhilosophy

Abstract

fetched live from OpenAlex

Les mécanismes de suppression tumorale sont à la base des processus qui protègent l’organisme contre l’apparition de tumeurs malignes. Ces mécanismes sont nombreux et chacun d’entre eux est contrôlé par une pléthore de voies de signalisation. Ces différentes voies de signalisation se recoupent en général par l’activation de certaines protéines centrales, comme p53 par exemple, qui est considéré le gardien du génome. Ces protéines, comme p53, peuvent généralement contrôler plusieurs mécanismes de suppression tumorale, mais la spécificité par laquelle elles activent une voie plutôt qu’une autre est encore mal connue. Or, ces protéines étant fréquemment impliquées dans le processus de transformation maligne, la compréhension de leurs fonctions et de leur régulation pourrait permettre de moduler leurs activités dans des contextes précis. Notre laboratoire a découvert que SOCS1 (Suppressor of Cytokine Signaling 1), une protéine majoritairement considérée comme un suppresseur de tumeur et un inhibiteur de voies de signalisation pro-inflammatoires, interagit avec p53 dans le cadre de la sénescence cellulaire, facilitant sa phosphorylation par ATM (Ataxia Telangiectasia Mutated) et ainsi son activation. Comment SOCS1 contrôle cette voie de signalisation demeure toutefois méconnu. Cette thèse avait pour but de mieux comprendre comment SOCS1 influence la voie de signalisation de p53. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés à identifier les cibles transcriptionnelles de p53 qui sont spécifiquement modulées par SOCS1. En effet, p53 est connu pour contrôler des centaines de cibles et il existe de grandes lacunes quant à savoir lesquelles sont importantes pour la suppression tumorale en générale. Une des approches utilisées pour approfondir ces connaissances consiste à définir les cibles de manière contexte-dépendant. Connaître les voies de signalisation qui sont contrôlées par SOCS1 via l’intermédiaire de p53 nous a permis de découvrir que SOCS1 est impliqué dans l’induction d’un nouveau mécanisme de suppression tumorale, la mort cellulaire programmée appelée ferroptose. Dans un second temps, nous avons voulu comprendre les mécanismes moléculaires par lesquels SOCS1 interagit avec p53. Nous avons déterminé que ce sont les acides aminés tryptophane 53 et phénylalanine 54 du TAD2 de p53 qui permettent l’interaction avec les résidus tyrosine (Y) 80 et tryptophane (W) 81 de SOCS1. La mutation de la tyrosine et du tryptophane de SOCS1 résulte en une perte d’interaction avec p53 et une incapacité à arrêter la prolifération des cellules cancéreuses. Nous avons aussi découvert un tout nouveau mode de régulation de SOCS1 : la protéine est phosphorylée sur la Y80 par les membres de la famille SRC. Cette phosphorylation semble inhiber les fonctions de suppression tumorale de SOCS1 et est déréglée dans des tissus de patients atteints de lymphomes par rapport aux tissus de ganglions normaux. Enfin, nous avons aussi découvert que SOCS1 peut former des dimères, à la fois in vitro et au sein des cellules, et que cela semble être la forme phosphorylée de SOCS1 qui dimérise. Cela ouvre la porte à toute une nouvelle biologie pour la protéine SOCS1.

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame distilled prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. Learned from the 10,348 direct Codex labels and 10,348 direct Gemma labels. Candidate is the union of thresholded teacher heads; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels or direct frontier model labels.

metaresearch head score (Codex)0.001
metaresearch head score (Gemma)0.001
Version: codex-gemma-dda1882f352aValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesMeta-epidemiology (narrow), Insufficient payload (model declined to judge)
Consensus categoriesInsufficient payload (model declined to judge)
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Bench or experimental · Consensus signal: Bench or experimental
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.106
Threshold uncertainty score1.000

Codex and Gemma teacher scores by category

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0010.001
Meta-epidemiology (narrow)0.0010.001
Meta-epidemiology (broad)0.0010.000
Bibliometrics0.0000.000
Science and technology studies0.0000.000
Scholarly communication0.0010.001
Open science0.0000.000
Research integrity0.0010.001
Insufficient payload (model declined to judge)0.0140.001

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.084
GPT teacher head0.394
Teacher spread0.311 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; both teacher heads agree on what is shown here.

Study designBench or experimental
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

Quick stats

Citations0
Published2018
Admission routes1
Has abstractyes

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