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Record W2913292269 · doi:10.1002/ange.201812995

Ortsaufgelöste Beobachtung von Schwingungsenergietransfer durch ein genetisch codiertes ultraschnelles Heizelement

2018· article· de· W2913292269 on OpenAlexaff
Tobias Baumann, Matthias Hauf, Fabian Schildhauer, Katharina B. Eberl, Patrick Durkin, Erhan Deniz, Jan G. Löffler, Carlos G. Acevedo‐Rocha, Jelena Jarić, Berta M. Martins, Holger Dobbek, Jens Bredenbeck, Nediljko Budiša

Bibliographic record

VenueAngewandte Chemie · 2018
Typearticle
Languagede
FieldPhysics and Astronomy
TopicSpectroscopy and Quantum Chemical Studies
Canadian institutionsUniversity of Manitoba
FundersDeutsche ForschungsgemeinschaftAlexander von Humboldt-Stiftung
KeywordsChemistryMolecular biologyStereochemistryBiology

Abstract

fetched live from OpenAlex

Abstract Eine Reihe theoretischer Studien setzt allosterischen Informationstransfer in Proteinen in Beziehung zu definierten Schwingungsenergietransfer(VET)‐Pfaden. Experimentelle Evidenz für diese Pfade ist rar, da für ihre Erforschung eine punktuelle Injektion von Schwingungsenergie in Proteine, d. h. eine lokale Erhitzung, benötigt wird. Um diese Experimente zu ermöglichen, haben wir den ortsspezifischen Einbau der nichtkanonischen Aminosäure β‐(1‐Azulenyl)‐l‐alanin (AzAla) mithilfe des erweiterten genetischen Codes etabliert. AzAla stellt eine Ausnahme der Kasha‐Regel dar: während die Aminosäure bei S1‐Anregung interne Konversion durchläuft und dadurch erhitzt, kann sie bei S2‐Anregung als Fluoreszenzmarker dienen. Wir haben PDZ3, eine Interaktionsdomäne des postsynaptischen Proteins PSD‐95, an verschiedenen Positionen mit diesem ultraschnellen Heizelement ausgestattet. Unter Verwendung von ultraschneller IR‐Spektroskopie konnten wir VET, ausgehend von AzAla innerhalb des Proteins, zu einem gebundenen Liganden auf einer Pikosekunden‐Zeitskala beobachten. Dieser Ansatz basierend auf dem genetisch codierten Einbau von AzAla ebnet den Weg zu detaillierten Studien von VET und seiner Funktion in einer Vielzahl von Proteinen.

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame machine prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.

metaresearch head score (Codex)0.000
metaresearch head score (Gemma)0.000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesnone
Consensus categoriesnone
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Bench or experimental · Consensus signal: Bench or experimental
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.002
Threshold uncertainty score0.008

Distilled classifier scores by category (both heads)

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0000.000
Meta-epidemiology (narrow)0.0000.000
Meta-epidemiology (broad)0.0000.000
Bibliometrics0.0000.000
Science and technology studies0.0000.000
Scholarly communication0.0000.000
Open science0.0000.000
Research integrity0.0000.001
Insufficient payload (model declined to judge)0.0020.000

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.015
GPT teacher head0.260
Teacher spread0.245 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.

The models applied no category: nothing in the taxonomy fit this work.
Study designBench or experimental
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

Quick stats

Citations10
Published2018
Admission routes1
Has abstractyes

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