Analyse transcriptionnelle de la famille de gènes TrV du polydnavirus TrIV transmis par la guêpe endoparasitoïde Tranosema rostrale à son hôte, la tordeuse des bourgeons de l'épinette
Bibliographic record
Abstract
Les insectes ravageurs sont un fléau pour les forêts canadiennes, causant de lourdes pertes en termes de récoltes commerciales. L'un des plus importants ravageurs forestiers au Canada est la chenille de la tordeuse des bourgeons de l'épinette, Choristoneura fumiferana, laquelle contracte une infection au polydnavirus TrIV (Tranosema rostrale ichnovirus) lorsqu'elle est parasitée par la guêpe T. rostrale. TrIV entraîne alors un arrêt du développement chez ces chenilles, prolongeant leur vie larvaire et permettant ainsi aux oeufs et aux larves du parasitoïde de compléter leur croissance à l'intérieur de la larve parasitée. Le génome segmenté à ADN double-brin de TrIV contient huit familles de gènes connues, dont la famille TrV qui compte sept membres et qui semble unique au virus TrIV. Dans le cadre d'une analyse fonctionnelle des gènes de la famille TrV, j'ai évalué par qPCR à partir d'ARN totaux de C. fumiferana et de T. rostrale, l'abondance des transcrits de chacun des sept gènes chez des chenilles parasitées en fonction du temps et du site de transcription (tissu) ainsi que dans des ovaires de guêpes et chez des guêpes mâles. De plus, j'ai quantifié les segments génomiques portant les gènes de la famille TrV. Je démontre ici que l'expression de la plupart des gènes de cette famille atteint son maximum, chez la larve hôte, autour du troisième jour après la ponte, suivi par une diminution de la transcription. Le gène TrVl est le plus fortement transcrit, suivi de TrV2 et TrV7, autant chez des larves entières que dans des tissus spécifiques. Parmi ces tissus, l'abondance des transcrits est généralement plus élevée dans 1'epithelium cuticulaire que dans les autres tissus échantillonnés. Chez la guêpe, les transcrits de certains gènes de la famille TrV sont détectables dans l'ovaire, mais leur abondance est marginale lorsque comparée à celle mesurée chez les larves parasitées. Dans le génome de TrIV, une proportion plus grande des segments génomiques portant le gène TrVl semble en partie responsable de niveaux plus élevés de ses transcrits chez la larve parasitée. La forte expression des gènes TrVl, TrV2 et TrV7 dans les larves parasitées ainsi que leur présence négligeable dans les ovaires de guêpe, suggèrent qu'ils pourraient être impliqués dans l'induction de l'arrêt de développement chez l'hôte, suite à l'infection par le virus TrIV. Le gène TrV4 étant plus faiblement transcrit que ceux mentionnés précédemment, mais plus hâtivement, pourrait jouer un rôle dans l'évitement passif à la réponse immunitaire de l'hôte.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.001 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".