Transcriptome, genomic and gentle analyses of chromosome 3p genes implicated as tumour suppressors in ovarian cancer
Bibliographic record
Abstract
Des anomalies numériques et structurelles du chromosome 3 (chr) 3 ont fréquemment été observées dans le cancer épithélial de l'ovaire (CEO), dont des pertes non aléatoires du bras 3p révélées par des analyses caryotypiques et d'hybridation génomique comparative. Ces pertes ont été rapportées sur plusieurs loci sur le chr3p, laissant supposer la présence de plusieurs gènes suppresseurs de tumeurs (TSG) concordant avec la progression du CEO. Des analyses de perte d'hétérozygotie (LOH) sur des échantillons de CEO, ainsi que des expériences de complémentation fonctionnelle par transfert du chr3 dans des lignées cellulaires de CEO appuient cette position. L'hypothèse de cette thèse postule qu'il existe au moins un TSG localisé sur le chr3p qui jouerait un rôle dans les carcinomes ovariens séreux de haut grade (COSHG), qui constituent le type histologique le plus représenté du CEO. Les puces SNP de génotypage, les puces ADN pour le profilage d'expression génique et les analyses de LOH ont été utilisées afin d'identifier des TSG candidats présents sur le chr3p. Les analyses des profils d'expression génique des échantillons de COSHG ont permis d'identifier 53 gènes sur le chr3, dont l'expression transcriptionnelle est réprimée comparativement à des cultures primaires de cellules épithéliales de l'ovaire normal. Deux gènes ont montré une répression transcriptionnelle dans tous les échantillons de COSHG étudiés. La régulation négative de l'expression de ces gènes n'a pas été associée avec une LOH de ces loci correspondants, suggérant que ces gènes ne sont pas la cible d'une inactivation biallelique. Afin de prendre en compte l'influence du model utilisé sur l'identification des gènes, ces résultats ont été comparés à un profil d'expression génique du chr3 utilisant un model diffèrent. Cette analyse a identifié des candidats TSG qui ont montré une répression transcriptionnelle robuste et commune dans les deux modèles. Afin de caractériser des candidats TSG présents dans un intervalle de délétion précédemment identifiée dans la région 3p26.3-p25.3, une analyse LOH a été effectuée sur un panel de tumeurs malignes de CEO. Le niveau d'expression des gènes localisés dans cette région de délétion aux frontières redéfinies a été caractérisé et les séquences de ces gènes analysées. Des analyses de LOH sur le chr3p ont également été effectuées dans un panel de tumeurs ovariennes bénignes pour déterminer la fréquence des anomalies qui aboutissent à la perte du bras 3p dans des tumeurs séreuses ovariennes de bas grade, proposées pour en être les plus précoces précurseurs. Les analyses de LOH des tumeurs séreuses bénignes n'ayant pas montré d'exemple de perte chromosomique, la technologie de génotypage à haut-débit a été utilisée sur différentes séries de tumeurs comprenant des tumeurs bénignes, à faible potentiel de malignité, de bas grade et de haut grade de type séreux. Ces analyses ont révélé peu de pertes du chr3p dans les tumeurs bénignes séreuses ainsi que dans les tumeurs à faible potentiel de malignité; cependant, de larges régions homozygotes sur le chr3 ont pu être observées. Des anomalies sur le chr3 ont été trouvées dans la plupart des échantillons de COSHG. Ces anomalies ne semblent pas cibler des gènes spécifiques sur le chr3, mais des LOH et des pertes dans le nombre de copies sont présentes de manières récurrentes. Considérées toutes ensemble, ces analyses révèlent de fréquentes pertes du nombre de copies et des LOH sur le bras 3p dans les échantillons de COSHG, en plus de la répression transcriptionnelle récurrente et spécifique des gènes du chr3, mais soulignent seulement une rare inactivation biallelique de ces gènes. A la place, un évènement de LOH des régions du chr3p pourrait abaisser le dosage génique, engendrant une diminution de l'expression des gènes TSG candidats. Plusieurs candidats TSG pourraient être localisés sur le bras 3p, chacun d'entre eux pouvant agir comme un TSG dans un groupe de COSHG.
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.001 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".