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Record W3201019078

Phylogenomics and comparative genomics in ant-eating mammals

2021· preprint· en· W3201019078 on OpenAlexfundno aff
Rémi Allio

Bibliographic record

VenueHAL (Le Centre pour la Communication Scientifique Directe) · 2021
Typepreprint
Languageen
FieldBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
TopicInsect and Arachnid Ecology and Behavior
Canadian institutionsnot available
FundersSeventh Framework ProgrammeAgence Nationale de la RechercheDeutsche ForschungsgemeinschaftCentre National de la Recherche ScientifiqueNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaEuropean CommissionCentre Méditerranéen de l’Environnement et de la Biodiversité
KeywordsBiologyPhylogenomicsEvolutionary biologyConvergent evolutionGenomeMetagenomicsNanopore sequencingGenomicsComparative genomicsPhylogeneticsGeneGeneticsClade
DOInot available

Abstract

fetched live from OpenAlex

Le phénomène de convergence évolutive est un processus fascinant dans lequel des espèces phylogénétiquement éloignées acquièrent indépendamment des caractéristiques similaires en réponse à des pressions de sélection similaires. Les mammifères myrmécophages figurent parmi les exemples les plus célèbres de convergence morphologique. En effet, ce mode de vie particulier a évolué chez cinq lignées distinctes de placentaires : l'oryctérope (Tubulidentata), le protèle (Carnivora), les fourmiliers (Xenarthra), le tatou géant (Cingulata) et les pangolins (Pholidota). Pour mieux comprendre l'évolution de ces organismes, plusieurs approches ont été développées dans cette thèse. Tout d'abord, je présente une stratégie originale pour caractériser le régime alimentaire précis des mammifères myrmécophages en tirant parti des données métagénomiques générées à partir d'échantillons fécaux et d'une base de données mitogénomique de référence sur les termites et les fourmis. Ensuite, avec l'objectif final de détecter la convergence moléculaire à l'échelle génomique chez les mammifères myrmécophages, nous avons généré neuf génomes de mammifères de qualité en utilisant la technologie Oxford Nanopore. Les différentes stratégies développées depuis la mise en place du séquençage MinION jusqu'à l'annotation finale des assemblages sont présentées avec une première étude de cas illustrant l'utilisation de deux de ces génomes de référence pour la délimitation des espèces. Enfin, je présente une analyse de transcriptomique comparative des glandes salivaires et d'autres organes chez les mammifères myrmécophages qui suggère que la contingence historique et le bricolage moléculaire des gènes de chitinase ont joué un rôle majeur dans l'évolution convergente de la myrmécophagie.

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame machine prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.

metaresearch head score (Codex)0.000
metaresearch head score (Gemma)0.000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesnone
Consensus categoriesnone
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Observational · Consensus signal: none
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.002
Threshold uncertainty score0.005

Distilled classifier scores by category (both heads)

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0000.000
Meta-epidemiology (narrow)0.0000.000
Meta-epidemiology (broad)0.0000.000
Bibliometrics0.0010.001
Science and technology studies0.0000.000
Scholarly communication0.0010.000
Open science0.0000.000
Research integrity0.0000.000
Insufficient payload (model declined to judge)0.0010.000

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.021
GPT teacher head0.248
Teacher spread0.227 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.

The models applied no category: nothing in the taxonomy fit this work.
Study designObservational
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

Quick stats

Citations2
Published2021
Admission routes1
Has abstractyes

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