Analyse épidémiologique de l’émergence et de la disparition du variant Kappa du SRAS-CoV-2 dans une région de la Colombie-Britannique, Canada
Bibliographic record
Abstract
Contexte : Le variant Kappa est désigné comme un variant d’intérêt (VI) du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2). Nous avons recensé 195 cas du variant Kappa dans une région de la Colombie-Britannique, au Canada, le plus grand agrégat spatio-temporel publié en Amérique du Nord. Objectifs : Décrire l’épidémiologie du variant Kappa en relation avec d’autres variants préoccupants (VP) du SRAS-CoV-2 en circulation dans la région afin de déterminer si l’épidémiologie du variant Kappa demande un statut de VI ou de VP. Méthodes : Les échantillons cliniques qui se sont avérés positifs pour le SRAS-CoV-2 collectés entre le 10 mars et le 2 mai 2021 ont été examinés pour la détection des VP circulants connus; environ 50 % des échantillons ont ensuite été sélectionnés pour le séquençage du génome entier. Une analyse épidémiologique a été réalisée en comparant les caractéristiques des cas Kappa aux principaux variants circulant dans la région (Alpha et Gamma) et aux cas non VP/VI. Résultats : Au total, 2 079 cas de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) ont été signalés dans la région pendant la période d’étude, dont 54 % ont été sélectionnés pour le séquençage du génome entier. Les 1 131 cas séquencés ont été classés en Kappa, Alpha, Gamma et non VP/VI. Alors que les cas Alpha et Gamma se sont avérés avoir un taux d’attaque significativement plus élevé parmi les contacts familiaux par rapport aux cas non VI/VP, ce n’était pas le cas pour le variant Kappa. Conclusion : L’analyse épidémiologique soutient la désignation du variant Kappa comme un VI et non un VP. Les variants Alpha et Gamma se sont avérés plus transmissibles, ce qui explique leur domination ultérieure dans la région et la disparition rapide du variant Kappa. Les stratégies de surveillance des variants doivent mettre l’accent à la fois sur la détection des VP établis et sur la détection de nouveaux VP potentiels.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.002 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.002 | 0.003 |
| Science and technology studies | 0.002 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.001 | 0.001 |
| Research integrity | 0.000 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".