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Record W4283802068 · doi:10.51189/iii-conbracib/7282

TESTES DE GRADIENTE DE TEMPERATURA COM PRIMERS ISSR EM ACESSOS DE MILHOS CRIOULOS PROSPECTADOS NO NORTE DE MINAS GERAIS

2022· article· pt· W4283802068 on OpenAlexaboutno aff
MATHEUS HENRIQUE TEIXEIRA, Jefferson Joe Moreira Alves, LUAN SOUZA DE PAULA GOMES, Ana Carolina Ataíde Silveira, Demerson Arruda Sanglard

Bibliographic record

VenueAnais do III Congresso Brasileiro de Ciências Biologicas · 2022
Typearticle
Languagept
FieldBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
TopicMolecular Biology Techniques and Applications
Canadian institutionsnot available
Fundersnot available
KeywordsBiologyMolecular biologyPhysics

Abstract

fetched live from OpenAlex

Introdução: Dentre os marcadores de DNA baseados em PCR para estudos de diversidade, destaca-se o ISSR (Inter Simple Sequences Repeats), o qual apresenta vantagens como baixo custo relativo, alta reprodutibilidade e dispensa quanto aos conhecimentos prévios dos genomas. Objetivos: Estudar a otimização das condições de amplificação via PCR (gradientes de temperaturas de anelamento), envolvendo primers ISSR e os genomas de acessos de milhos crioulos (Zea mays L.) oriundos do Norte de Minas Gerais. Material e métodos: As extrações de DNAs seguiram um protocolo CTAB adaptado, utilizando-se folhas maduras de milhos crioulos. Para otimização das amplificações com primers ISSR (Coleção UCB, Canada), foram realizados testes de gradientes de temperaturas de anelamentos em termociclador configurado para o espectro de 45ºC a 65ºC, gerando 12 temperaturas dentro deste intervalo. As reações seguiram a seguinte programação: uma fase inicial de desnaturação a 94ºC por 5 min; seguida por 35 ciclos de [desnaturação (94ºC por 1 min), anelamento (45ºC a 65ºC por 1 min) e extensão (72ºC por 2 minutos)]; e uma fase de extensão final de 72ºC por 7 min / conservação a 4°C. Utilizou-se DNA's de dois indivíduos escolhidos em uma coleção de 44 acessos, variando-os a cada teste. Na placa de PCR (96 poços), testou-se quatro primers por reação, tendo as linhas como variantes de genótipos e primers; e colunas quanto às diferentes temperaturas. Resultados: Durante a execução do estudo, foram testados 56 primers ISSR, sendo que 34 deles caracterizam-se como sendo amplamente polimórficos, sob temperaturas de anelamento específicas identificadas nos gradientes: primers UCB 816, 820, 823, 828, 829, 836, 850, 880, 884 e 890 (46ºC); 808, 810, 812, 825, 827, 847, 849 e 855 (47ºC); 818 e 876 (48ºC); 848 (49ºC); 864, 865, 886, 887 e 889 (51ºC); 807, 830 e 888 (54ºC); 842, 856 e 866 (56ºC); 858 e 867 (59ºC). Quanto aos primers dispensados, 18 deles não amplificaram e quatro geraram apenas bandas monomórficas. Conclusão: A identificação prévia das temperaturas de anelamentos (PCR) que otimizem polimorfismos em uma população sob estudo, mostra-se como uma etapa imprescindível na otimização de tempo e insumos de Biologia Molecular.

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame machine prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.

metaresearch head score (Codex)0.001
metaresearch head score (Gemma)0.002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesnone
Consensus categoriesnone
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Bench or experimental · Consensus signal: Bench or experimental
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.003
Threshold uncertainty score0.010

Distilled classifier scores by category (both heads)

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0010.002
Meta-epidemiology (narrow)0.0010.001
Meta-epidemiology (broad)0.0010.001
Bibliometrics0.0010.001
Science and technology studies0.0010.001
Scholarly communication0.0010.001
Open science0.0010.000
Research integrity0.0010.001
Insufficient payload (model declined to judge)0.0030.001

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.012
GPT teacher head0.278
Teacher spread0.265 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.

The models applied no category: nothing in the taxonomy fit this work.
Study designBench or experimental
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

Quick stats

Citations0
Published2022
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