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Étude expérimentale et théorique de la stabilité et la rigidité des membranes lipidiques dans différents conditions

2020· preprint· en· W4392222110 on OpenAlexfundno aff
Jad Eid

Bibliographic record

Venuenot available
Typepreprint
Languageen
FieldBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
TopicLipid Membrane Structure and Behavior
Canadian institutionsnot available
FundersAgence Universitaire de la FrancophonieUniversité LibanaiseInstitut National de la Santé et de la Recherche Médicale
KeywordsRigidity (electromagnetism)MembraneStability (learning theory)Materials scienceChemistryComputer scienceComposite materialBiochemistryMachine learning

Abstract

fetched live from OpenAlex

Dans ce travail, nous avons mesuré la rigidité de liposomes blancs EggPC et de liposomes du même type encapsulant la quercétine. Ceci a été réalisé en mesurant le module d’Young à partir des courbes de forces en mode Force Spectroscopie de la Microscopie à Force Atomique AFM. En parallèle, nous avons calculé le module de flexion k_c des couches phospholipidiques qui imitent la formulation EggPC, tout en utilisant la Dynamique Moléculaire MD. Notre étude a été lancée suite à un large intervalle de valeurs rapportées dans la littérature au module de flexion k_c, calculées par différentes méthodes ou conditions, pour la même composition lipidique. A cet effet, nous avons mesuré la rigidité (module d’Young) des liposomes Egg PC en utilisant quatre types de sondes AFM : deux pointes de forme pyramidale et deux pointes de forme conique, chaque pointe est montée sur un levier ayant une constante de force 0,08 ou 0,32 N/m. Le traitement des courbes de forces obtenues, a été réalisé en utilisant aussi deux modèles mathématiques ; celui de Hertz ou de Shell. Les résultats ont montré que la forme de la pointe AFM, la constante de force du levier ainsi que le modèle mathématique choisi affectent la valeur mesurée de la rigidité en AFM. En Dynamique Moléculaire, nous avons utilisé la méthode de flambement, qui impose une optimisation préliminaire réalisée pour la boîte de simulation dans toutes les dimensions. Nous avons étudié ensuite la variation du module de flexion k_c en fonction de la composition d’une bicouche, contenant les phospholipides les plus courantes. Nous avons exploré la variation de kc en fonction de la composition des mélanges lipidiques : une série de mélanges contenant différentes phosphatidylcholines aussi bien que les phosphatidylcholines et le cholestérol. Nous avons constaté que dans le cas de mélanges homogènes, les valeurs de k_c peuvent être prédites à partir de la pondération moyenne des modules des deux composantes. Alors que dans le cas des mélanges à phases séparées, la rigidité apparente est plus proche de la valeur de la composante la plus molle. La comparaison entre les résultats mesurés par AFM et ceux calculés par la simulation MD pour le module d’élasticité k_c d’une part ainsi que la comparaison avec des mesures AFM de ce paramètre disponibles dans la littérature, nous a mené à des conditions expérimentales optimales de mesure. Dans ces mêmes conditions, nous avons abordé l’effet de la quercétine sur la rigidité d’une membrane. Nos observations AFM ont montré aucun effet de la quercétine sur la morphologie et la structure des liposomes mais les courbes de forces indiquent une diminution de la rigidité des vésicules contenant cette molécule. Des simulations numériques sur des membranes contenant des concentrations de quercétines respectives de 4, 8, 12 et 16% ont montré que les propriétés structurales et dynamiques de la membrane lipidique sont affectées par la présence de quercétine et varient en terme de concentration de quercétine dans la membrane. Quant à la rigidité de cette dernière, les calculs numériques ont montré comme dans le cas des mesures AFM, sa diminution relative au taux de quercétine présent dans la membrane. Dans une étape ultérieure, nous avons étudié par la microscopie AFM la stabilité des liposomes du type EggPC et examiné l’organisation des phospholipides E80 dans quatre solvants eutectiques profonds à base de ChCl (DES) et dans des solutions aqueuses de ces mêmes composants DES. Les observations AFM ont montré que les phospholipides ainsi que les liposomes peuvent être dissous dans les DES et ils peuvent s'auto-assembler conduisant à la formation de vésicules. Nous avons noté que la taille des liposomes réformés a diminué après leur exposition aux DESs. Des résultats similaires ont été obtenus en suivant l'effet de l'incubation de liposomes sphériques dans des solutions aqueuses des composants DESs au fil du temps.

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame machine prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.

metaresearch head score (Codex)0.001
metaresearch head score (Gemma)0.002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesnone
Consensus categoriesnone
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Bench or experimental · Consensus signal: Bench or experimental
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.003
Threshold uncertainty score0.010

Distilled classifier scores by category (both heads)

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0010.002
Meta-epidemiology (narrow)0.0010.000
Meta-epidemiology (broad)0.0000.001
Bibliometrics0.0000.000
Science and technology studies0.0010.001
Scholarly communication0.0000.001
Open science0.0000.000
Research integrity0.0010.001
Insufficient payload (model declined to judge)0.0030.001

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.012
GPT teacher head0.318
Teacher spread0.305 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.

The models applied no category: nothing in the taxonomy fit this work.
Study designBench or experimental
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

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Citations0
Published2020
Admission routes1
Has abstractyes

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