Türkiye'de üretilen hizmet köpeklerinde kalça displazisi ile ilişkili genetik markırların araştırılması
Bibliographic record
Abstract
Gelişimsel ortopedik bir hastalık olan kalça displazisi, kalıtsal ve çevresel faktörlerin etkisi ile meydana gelir. Hem insanlarda hem de köpeklerde yaygın olarak görülmesine rağmen hastalığın genetik arka planı aydınlatılamamıştır. Köpek kalça displazisine (KKD) karşı, fenotipe dayanan seleksiyon programları uzun yıllarca uygulanmış olsa da istenilen başarı elde edilememiştir. Günümüzde, kalça displazisini erken teşhis edebilecek bir DNA testi geliştirmek için, hastalığa neden olan genetik lokuslar tespit edilmeye çalışılmaktadır. \nBu araştırmada, KKD hastalığın gelişimi ile ilişkili olabilecek genetik varyasyonları tespit etmek için, bir vaka kontrol çalışması tasarlanmıştır. Türkiye’de hizmet köpeği olarak yetiştirilen, 53 adet Labrador Retriever (17 vaka, 36 kontrol), 63 adet Belçika Malinois (14 vaka, 49 kontrol) ve 56 adet Alman Çoban Köpeği (24 vaka ve 32 kontrol) araştırma kapsamına dahil edilmiştir. \nMoleküler genetik analizler yapılmak üzere, KKD hastalığının gelişimi ile ilişkili olabilecek 5 gen belirlenmiştir (CX3CR1, CHST3, OSTF1, IBSP, FGF12). Seçilen bu genlerden, CX3CR1 geninin 2. ekson ve 3' UTR bölgeleri DNA dizi analizi metodu ile araştırılarak varyasyonlar tespit edilmiştir. Diğer genler üzerinde ise, KKD gelişimi ile ilişkili olduğu, daha önce farklı araştırmacılar tarafından rapor edilmiş olan 5 adet TNP (CHST3 geni 5ꞌ UTR’de rs24076746 ve 3ꞌ UTR’de rs24105396, OSFT1 geni 4. intronda rs8995004, IBSP geni 3. intronda rs23759713 ve FGF12 geni 3. intronda rs851690466) RFLP metodu ile araştırılmıştır. Haplotiplerin belirlenmesi, miRNA bağlanma bölgelerinin tespit edilmesi ve TNP-TNP etkileşimlerinin KKD hastalığının gelişimi \nüzerine etkileri, biyoinformatik metotlar ile araştırılmıştır. Ki-kare değerleri, olabilirlik oranı (OR) ve %95 güven aralığı (GA) lojistik regresyon analizi ile hesaplanmıştır. \nCX3CR1 geninin 2. ekson bölgesinde varyasyon bulunamamıştır, 3' UTR bölgesinde ise 8 varyasyon (6 TNP, 1 insersiyon, 1 delesyon) tespit edilmiştir. Yapılan istatistiksel değerlendirmeler sonucunda, rs9022770 G>A ve rs9022769 G>A TNP’lerinin Belçika Malinois ırkı köpeklerde KKD gelişimi ile ilişkili (p<0,05) olduğu görülmüştür. Diğer iki köpek ırkında ise bireysel olarak varyasyonlar ile hastalık arasında istatistiki olarak anlamlı bir ilişki bulunamamıştır. Belçika Malinois ırkı köpeklerde, rs9022770 G>A TNP’si için A allelinin, p=0,002 anlamlılık düzeyinde patojen allel olduğu (OR=13,091, %95 GA=2,474-69,264) belirlenmiştir. rs9022769 G>A TNP’si için ise G allelinin p=0,011 anlamlılık düzeyinde patojen allel olduğu (OR=3,333, %95 GA=1,279-8,688) hesaplanmıştır. CX3CR1 rs9022769/rs852431030 TNP’lerinin oluşturduğu GT haplotipinin, p=0,022 anlamlılık düzeyinde patojen haplotip olduğu (OR=6,222, %95 GA=1,280-30,243) belirlenmiştir. Araştırılan diğer köpek ırklarında, oluşan haplotipler ile KKD gelişimi arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki tespit edilememiştir. \nÖnceki araştırmacıların, KKD gelişimi ile ilişkili olduğunu rapor ettikleri 5 TNP’den sadece bir tanesi, IBSP geni 3. introndaki rs23759713 C>T TNP’si, Alman Çoban Köpeklerinde KKD gelişimi ile ilişkili bulunarak desteklenmiştir. rs23759713-T allelinin p=0,026 anlamlılık düzeyinde koruyucu allel olduğu (OR=0,207, %95 GA=0,048-0,891) belirlenmiştir. Diğer 4 TNP’nin (rs24076746, rs24105396, rs8995004, rs851690466) KKD gelişimi ile ilişkisi bulunamamıştır. \nAraştırmamız sonucunda, KKD gelişimi ile ilişkili olduğunu bulduğumuz CX3CR1 geninin 3' UTR polimorfizmlerinin (rs9022770, rs9022769), farklı köpek popülasyonlarında da çalışılıp doğrulandıktan sonra, KKD hastalığına karşı uygulanacak markör destekli seleksiyon (MAS) programlarına katkı sağlayacağını düşünmekteyiz. IBSP geni 3. intronundaki rs23759713 TNP’sinin ise KKD gelişimi ile ilişkisi çalışmamızda da desteklenmiştir. Araştırmamız, hem KKD hastalığın genetik arka planını aydınlatmak için, hem de MAS çalışmaları için faydalı olabilecek veriler sunmaktadır.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.002 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.001 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.001 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.002 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.002 | 0.002 |
| Scholarly communication | 0.003 | 0.001 |
| Open science | 0.001 | 0.001 |
| Research integrity | 0.002 | 0.002 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.031 | 0.009 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".