CANDIDA PARAPSILOSIS: CARATTERIZZAZIONE GENOTIPICA E FENOTIPICA DI UN PATOGENO OPPORTUNISTA EMERGENTE
Bibliographic record
Abstract
Candida albicans è la specie fungina più comunemente associata ad infezioni micotiche nell’uomo. Negli ultimi anni, però, la frequenza di isolamento di altre specie appartenenti al genere Candida è notevolmente aumentata e tra queste, Candida parapsilosis è divenuta oggi la seconda specie più comunemente isolata da emocolture in Europa, Canada ed in America Latina, e la terza negli Stati Uniti. In particolare, C. parapsilosis risulta frequentemente associata alle infezioni nosocomiali in unità di terapia intensiva neonatale ed in pazienti cateterizzati. Le infezioni nosocomiali sostenute da C. parapsilosis hanno grande rilevanza medica, dal momento che questa specie è comunemente isolata dalla cute umana ed è in grado di aderire a superfici plastiche di materiali protesici, quali cateteri intravascolari, grazie alla capacità di produrre una matrice extracellulare polisaccaridica (biofilm o slime), che avvolge e protegge le cellule del lievito. C. parapsilosis è stata ritenuta per lungo tempo una specie caratterizzata da una notevole variabilità genetica e distinta in 3 sottoguruppi. Attualmente, invece, in seguito agli studi che hanno condotto definizione di specie del gruppo II (Candida orthopsilosis) e del gruppo III (Candida metapsilosis), questo micete viene considerato come una specie caratterizzata da scarsa variabilità genetica. Tra queste tre specie, C. parapsilosis, che rimane la più frequentemente isolate da infezioni nosocomiali, è quella meglio adattata al commensalismo umano, come testimoniato dalla sua elevata frequenza di isolamento da campioni prelevati da svariate sedi anatomiche e dalla sua ampia diffusione in diverse aree geografiche. L’obiettivo di questo lavoro di tesi è stato quello di studiare le caratteristiche genotipiche e fenotipiche di una collezione di ceppi di C. parapsilosis provenienti da aree geografiche diverse al fine di valutare se una fine tipizzazione molecolare potesse evidenziare un certo grado di variabilità genotipica in ceppi isolati da aree geografiche completamente diverse (ad es. Italia e Nuova Zelanda) a cui corrispondesse anche diversa espressione di fattori di virulenza. L’interesse per tale studio è motivato dal fatto che è di primaria importanza comprendere i) il contributo dei meccanismi di virulenza espressi dal fungo che includono, oltre alla produzione di biofilm, anche la secrezione di enzimi idrolitici (Sap, aspartil proteasi secretorie) e ii) la relazione esistente tra genotipo ed espressione di caratteri fenotipici Tutti i ceppi in studio sono stati tipizzati mediante AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), una metodica altamente riproducibile che consente sia di identificare le principali specie fungine che di valutarne la variabilità genotipica intra-specifica. La capacità di produrre biofilm è stata valutata nei ceppi in studio mediante analisi spettrofotometrica volta a quantificare la matrice polisaccaridica prodotta da C. parapsilosis sul fondo dei pozzetti di plastica di una piastra ELISA, dopo 24 ore di crescita in terreno contenente glucosio in eccesso (8%), mentre la capacità di produrre proteasi è stata stimata mediante un saggio qualitativo basato sulla semina dei ceppi di lievito su un terreno solido contenente siero albumina bovina come unica fonte di azoto e successiva valutazione della produzione di proteasi mediante visualizzazione di un alone di proteolisi. I risultati ottenuti hanno contribuito a meglio comprendere l’epidemiologia di questo patogeno opportunista emergente.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.001 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.001 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.002 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.002 | 0.001 |
| Open science | 0.000 | 0.001 |
| Research integrity | 0.001 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.003 | 0.001 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".