Caractérisation transcriptomique sommaire de clones d'amarante tuberculée (Amaranthus tuberculatus) résistants à l'atrazine ou à la mésotrione
Bibliographic record
Abstract
L'amarante tuberculée (Amaranthus tuberculatus var. rudis), une mauvaise herbe envahissante introduite depuis 2017 au Québec, est résistante à cinq groupes d'herbicides de synthèse utilisés couramment en agriculture. Des tests moléculaires diagnostiques sont actuellement disponibles pour détecter la résistance de l'amarante à plusieurs herbicides et adapter au besoin les stratégies de désherbage en contexte agricole. Toutefois, aucun test n'est disponible encore pour tester la résistance de cette plante aux herbicides du Groupe 27 ou encore à l'un des deux mécanismes identifiés qui confèrent la résistance aux herbicides du Groupe 5. Afin de développer éventuellement des tests diagnostiques pour la résistance aux herbicides des Groupes 5 et 27 chez l'amarante tuberculée, ce projet avait pour objectif de caractériser le profil transcriptomique de clones d'amarante résistants à l'atrazine, un herbicide du Groupe 5, ou à la mésotrione, un herbicide du Groupe 27. Les objectifs spécifiques du projet étaient (1) d'établir un portrait transcriptomique sommaire de la plante en réaction à l'atrazine ou à la mésotrione; et (2) d'identifier des gènes marqueurs éventuellement utiles pour la mise au point de tests de résistance aux deux mêmes herbicides. Des plantes-mères confirmées résistantes ont été pulvérisées avec les deux herbicides et des échantillons foliaires ont été prélevés avant et après traitements. Un séquençage de type RNAseq a été réalisé ensuite pour caractériser le profil transcriptomique des individus résistants et sensibles, à l'aide d'algorithmes bio-informatiques pour l'identification des gènes exprimés différentiellement. En bref, aucune réponse compensatoire généralisée n'a été constatée chez les individus résistants en réponse aux traitements herbicides. En revanche, la surexpression constitutive d'une glutathion-S-transférase ('At.05g111120') possiblement impliquée dans la métabolisation du composé toxique a été a été observée chez les clones résistants à l'atrazine. De manière similaire, la surexpression du gène d'une cytochrome P450 ('At.00g045440') en réponse à l'herbicide et la surexpression constitutive de deux autres isoformes de la même enzyme ('At.00g045450' et 'At.02g067460') ont été observées chez les clones résistants à la mésotrione. Des études complémentaires seront maintenant bienvenues pour confirmer le potentiel des gènes identifiés comme marqueurs moléculaires pour la mise au point de tests de résistance moléculaires diagnostiques pour l'atrazine et la mésotrione.
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How this classification was reachedexpand
Full frame distilled prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. Learned from the 10,348 direct Codex labels and 10,348 direct Gemma labels. Candidate is the union of thresholded teacher heads; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels or direct frontier model labels.
Codex and Gemma teacher scores by category
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.002 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.002 | 0.002 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.002 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.002 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.001 |
| Open science | 0.002 | 0.000 |
| Research integrity | 0.002 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.001 | 0.003 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; both teacher heads agree on what is shown here.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".