The relationship between species diversity and genetic diversity in a fragmented forest system: a case study of «Carex Leptonervia» in the Montérégie, Québec
Bibliographic record
Abstract
Les milieux forestiers tempérés du sud du Québec sont de plus en plus fragmentés et isolés les uns des autres. Les conditions environnementales sont grandement altérées, la taille des populations est réduite et la migration et dispersion des espèces sont perturbées et même parfois interrompues. La fragmentation des forêts réduit donc la diversité des espèces et la diversité génétique. Cette thèse combine ces deux aspects fondamentaux de la biodiversité puisque les études antérieures les ont analysés séparément. L'espèce focale utilisée pour étudier la diversité génétique fût Carex leptonervia et ce, sur deux échelles : à l'échelle des lots boisés isolés ainsi qu'à l'échelle des communautés immédiates de nos plantes focales. Le chapitre 2 explique les sept marqueurs de séquences répétées (SSR) développés pour Carex leptonervia. Le chapitre 3 définit nos objectifs généraux quant à la compréhension des facteurs qui lient la structure du paysage, la diversité génétique, la diversité des espèces et énonce les questions qui suivent. Selon les perspectives de génétique des populations et de macroécologie, les processus sont-ils similaires en comparant les modèles récurrents de diversité dans une région donnée? Quelles sont les relations entre la diversité génétique et la diversité des espèces dans ce système? Pour adresser ces questions, nous avons recensés le nombre d'espèces végétales dans 20 milieux forestiers de dimensions variant entre six et deux milles hectares. Dans chaque lot boisé, nous avons recensé la diversité de la communauté directement associée au Carex leptonervia en définissant un quadrat de 4 mètres carrés autour des plants. Trente individus, dont sept plantes focales, furent échantillonnés à chaque site afin de quantifier la diversité génétique de chaque site. Celle-ci fut caractérisée en utilisant six loci SSR développés au chapitre 2. Nos résultats révèlent que la richesse des espèces d'un lot est liée de façon significative à sa dimension et non pas à sa connectivité avec les sites boisés avoisinant. Dans les communautés immédiates des plantes focales, la richesse des espèces (SR) est proportionnelle à celle des lots. L'indice de diversité Shannon (SHAN) est quant à lui relié au niveau de dispersement des C. leptonervia à travers leur site. Les caractéristiques du sol telles que le pH et le pourcentage de matière organique n'ont pas influencés de manière significative la diversité des communautés immédiates. Nous avons procédé aux tests suivant pour déterminer la redondance de la diversité génétique : isolation-by-distance, Nei's GST et Bayesian clustering analysis. Le Carex leptonervia est vastement dispersé à travers la Montérégie et ne semble pas avoir de structure de population bien définie. Nous avons effectué un test de corrélation Pearson avec chaque variables de diversité (HE, HO et AR pour la diversité génétique; SR Site, SR Quadrat et SHAN quadrat pour la diversité des espèces) pour trouver la corrélation entre la diversité génétique et la diversité des espèces. La diversité génétique (HE) est positivement reliée à la diversité des espèces (SR) au niveau des sites mais non au niveau des communautés immédiates des plantes focales. Ces résultats indiquent que les processus majeurs à l'échelle des sites sont aussi importants au maintien de la diversité génétique. Considérant que le C. leptonervia est une espèce écologiquement flexible et bien répandue à travers le territoire, nous concluons que l'échelle du site est plus représentative que l'échelle des communautés directement associées aux plants pour analyser la diversité des espèces d'une communauté donnée. Selon nos analyses, cette corrélation est principalement influencée par la superficie du site. En conclusion, nous proposons de combiner la génétique des populations et l'écologie des communautés afin d'améliorer notre compréhension des systèmes naturels et des forêts isolées afin de préserver la diversité montérégienne.
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.003 |
| Science and technology studies | 0.004 | 0.002 |
| Scholarly communication | 0.002 | 0.000 |
| Open science | 0.001 | 0.001 |
| Research integrity | 0.000 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".