Portrait de la colonisation par le Staphylococcus aureus sensible ou résistant à la méticilline chez les chevaux admis dans un centre hospitalier universitaire : prévalence et facteurs de risque de colonisation
Bibliographic record
Abstract
La bactérie Staphylococcus aureus (S. aureus) est un microorganisme aux multiples facettes. Les isolats résistants à la méticilline (SARM) constituent une cause majeure d'infections nosocomiales, tant en médecine humaine que vétérinaire. Les données épidémiologiques sont importantes pour l’élaboration de programmes de prévention et de contrôle des infections en milieu hospitalier. L’objectif principal de cette étude est d’estimer la prévalence et étudier les facteurs de risque de colonisation par le S. aureus et le SARM des chevaux présentés à l’hôpital équin de la Faculté de médecine vétérinaire de l’Université de Montréal. Les objectifs secondaires sont de déterminer la présence de SARM sur la peau chez les individus colonisés, et évaluer la durée de la colonisation par le SARM. Une étude transversale, menée sur 3 ans, a permis le recrutement de 228 chevaux admis pour des motifs non urgents au Centre Hospitalier Universitaire Vétérinaire (CHUV) de la faculté de médecine vétérinaire de Saint-Hyacinthe. Des prélèvements nasaux et de peau ont été réalisés à l'admission. Les échantillons nasaux ont été soumis au laboratoire de microbiologie pour culture et identification des S. aureus, grâce à la technologie MALDI-TOF. Les isolats résistants à la méticilline ont été identifiés à l’aide de géloses sélectives chromogéniques, et confirmés par un test de concentration minimale inhibitrice à l'oxacilline et une technique de diagnostic moléculaire (PCR mecA et mecC). En cas de SARM détecté sur le prélèvement nasal, l’échantillon de peau était soumis. Les prélèvements nasaux ont été répétés chez les individus colonisés jusqu'à l'obtention de deux cultures négatives. Pour l’exploration des facteurs de risque, les informations concernant la gestion de l'écurie, le type d’activité et les antécédents médicaux des chevaux ont été obtenues auprès des propriétaires via un questionnaire et la consultation des dossiers médicaux. Des régressions logistiques multivariées ont été utilisées pour modéliser les associations entre les facteurs de risque et la colonisation. La prévalence du portage nasal de S. aureus et de SARM dans la population de l’étude est respectivement de 17,5 % (IC à 95 % : 12,4-22,7) et de 6,2 % (IC à 95 % : 2,9-9,4). Les facteurs de risque de colonisation par le S. aureus et le SARM sont une hospitalisation dans les 6 mois précédents (S. aureus : rapport de cotes (RC) 3,5 – intervalle de confiance (IC) à 95 % 1,4-8,7 ; SARM : RC 6,1 - IC à 95 % 1,0-35,7) et l'année d'admission au CHUV (2022 vs. 2020-2021 ; 4 S. aureus: RC 3,3 – IC à 95% 1,5-7,1 ; RC 8,8 - IC à 95 % 1,7-90,9). De plus, être hébergé dans une écurie de plus de 10 chevaux constituait un facteur de risque additionnel d’être colonisé par le SARM (RC 5,9 - IC à 95 % 1,1-63,3). Aucun SARM n’a été détecté sur les prélèvements de peau des chevaux colonisés d’après les échantillons nasaux. Sur les 10 chevaux colonisés par le SARM et pour lesquels un suivi était disponible, un seul a été testé positif jusque 3 mois après l’admission. Un autre testait positif jusqu’à 30 jours suivant l’échantillonnage initial et 8 chevaux étaient négatifs au premier prélèvement de suivi, environ 14 jours après l’admission. La prévalence de colonisation nasale par le SARM dans notre population d’étude est non négligeable ; cependant, le portage semble transitoire. Outre des facteurs de risque d’ordre médical, l'importance des interactions sociales dans la transmission du SARM chez les chevaux est à prendre en considération.
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.001 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".