Genetic variation in founder populations: Contrasting patterns on the X chromosome and autosomes
Bibliographic record
Abstract
Le rôle de la variation du chromosome X en tant que déterminant de la santé humaine est largement sous-étudié, malgré son rôle dans de nombreuses maladies. Bien qu'ils fassent partie de chaque génome humain, les chromosomes sexuels sont souvent exclus des analyses d'association à l'échelle du génome et sous-représentés dans la recherche. Les populations canadiennes-française du Québec offrent une excellente opportunité d'étude, étant donné une compréhension presque inégalée de l'histoire démographique de la population et de son fort déséquilibre historique du sexe-ratio, ainsi que la disponibilité d'échantillons contemporains. Historiquement, la population des colons de Nouvelle-France avait un fort biais sexuel, plus de 2/3 des colons étant des hommes. Une grande partie des Canadiens français modernes descendent de cette population initiale, ce qui signifie que les effets de ce goulot d'étranglement initial, et en particulier de ce biais sexuel, sont encore potentiellement observables de nos jours. En utilisant le séquençage du génome entier récemment disponible dans la biobanque CARTaGENE, nous avons étudié à la fois la présence de variants précédemment décrits ayant un impact clinique dans les chromosomes X de nos échantillons, et les façons dont les modèles contrastés de variation sur le chromosome X et les autosomes peuvent indiquer la signature de ce biais historique lié au sexe. Bien que l'on sache que plusieurs variants génétiques et conditions liées au chromosome X sont élevés dans la population canadienne-française moderne, nous ne trouvons dans notre ensemble de données aucun des variants associés à ces conditions qui ont été signalées antérieurement. Nous notons plusieurs variants liés au déficit en G6PD, qui n'ont pas été associés auparavant aux populations québécoises, et qui sont présentes à des fréquences élevées par rapport à la population de référence de l'ENF de gnomAD. Ce travail est compliqué par la surreprésentation d'enregistrements mal décrits de variants du chromosome X dans les bases de données cliniques.Nous avons également effectué des comparaisons entre l'X et les autosomes dans les multiples populations de notre ensemble de données, sur la base des métriques de différenciation génétique FST. Nous avons observé des niveaux de différenciation génétique entre les populations qui sont largement similaires, et nous n'avons pas trouvé de preuve d'un goulot d'étranglement historique lié au sexe dans notre échantillon canadien français, ce qui est contraire à nos attentes et justifie des recherches plus approfondies.Nos travaux mettent en évidence le rôle que peuvent jouer les biobanques de population dans l'étude de l'histoire et de la santé actuelle d'une population, ainsi que l'utilité de les constituer pour des populations un héritage génétique unique. Les orientations futures comprennent une étude plus approfondie du goulot d'étranglement historique des Canadiens français en fonction du sexe et une étude visant à déterminer s'il serait justifié de mettre en place un programme de dépistage du déficit en G6PD au Québec
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.002 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.003 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".