Determining the role of replication stress and proliferating cell nuclear antigen SUMOylation in regulation of alternative lengthening of telomeres
Bibliographic record
Abstract
Les extrémités des chromosomes linéaires d'une cellule, appelées télomères, raccourcissent à chaque cycle de division cellulaire jusqu'à ce que la cellule entre en sénescence. Pour atteindre l'immortalité réplicative, les cellules cancéreuses doivent maintenir leurs télomères, soit par la réactivation de la télomérase, soit par un mécanisme de recombinaison appelé allongement alternatif des télomères (ALT). Environ 10 à 15 % des cancers sont ALT positifs, notamment les cancers des os, des tissus mous et du système nerveux, dont beaucoup sont associés à un pronostic défavorable et à des options thérapeutiques limitées. Les télomères ALT positifs sont caractérisés par un niveau élevé de stress réplicatif et de corps promyélocytaires associés à ALT (APB), structures nucléaires essentielles à la synthèse des télomères ALT. Ils sont régulés par les SUMO (petits modificateurs de type ubiquitine) et les motifs interagissant avec SUMO (SIM). L'antigène nucléaire des cellules proliférantes (PCNA), un coordinateur clé des voies de réplication et de réparation de l'ADN, est SUMOylé en réponse au stress réplicatif, permettant ainsi de résumerla réplication des fourches de réplication bloquées. Malgré le rôle central de PCNA dans le métabolisme de l'ADN, sa contribution spécifique à la régulation des télomères ALT sous stress réplicatif reste inexplorée. L'objectif de ce projet est de développer un modèle cellulaire génétiquement modifié afin d'élucider le rôle du stress réplicatif et de la SUMOylation de PCNA dans la régulation de ALT. Nous utilisons une combinaison d'approches génomiques et biochimiques, notamment des systèmes dégrons basés sur CRISPR-Cas9, pour manipuler la SUMOylation de PCNA et l'analyse des télomères sous stress réplicatif. Jusqu'à présent, nous avons établi une lignée cellulaire U2OS stable exprimant OsTIR1 dans le système dégron inductible par l'auxine et initié l'inactivation d'un marqueur dégron. Cependant, des optimisations supplémentaires sont nécessaires pour obtenir le marquage dégron à tous les loci de PCNA. En étudiant les mécanismes par lesquels la SUMOylation de PCNA influence l'activité de ALT, cette étude apportera de nouvelles connaissances sur la régulation du mécanisme de ALT et identifiera des approches thérapeutiques potentielles spécifiques à ALT
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.001 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".