Functional diversity of sessile and planktonic microbial communities in a simulated aquifer system
Bibliographic record
Abstract
Les aquifères constituent des ressources vitales pour l’eau potable, environ un tiers de la population mondiale dépendant des eaux souterraines pour un usage domestique. Les microorganismes des écosystèmes souterrains jouent un rôle crucial dans le recyclage de la matière organique, la dégradation des contaminants et l’amélioration de la qualité de l’eau. Cependant, les connaissances fonctionnelles sur les communautés microbiennes en biofilm dans les aquifères restent limitées, principalement en raison des difficultés liées à l’échantillonnage des carottes du sous-sol. Pour répondre à cette question, nos objectifs étaient de (I) étudier les caractéristiques fonctionnelles potentielles des communautés microbiennes sessiles (biofilm) et planctoniques, et (II) comparer leurs profils fonctionnels entre les saisons d’été et hiver. Nous avons utilisé un bioréacteur simulant un système aquifère pour étudier les deux communautés en même temps et avons appliqué des méthodes métagénomiques pour caractériser leurs traits fonctionnels potentiels. Nos résultats ont montré que le type de communauté avait un effet significatif sur l’abondance relative de tous les gènes. Les communautés planctoniques présentaient une abondance plus élevée des gènes liés au métabolisme du carbone et aux fonctions essentielles de base, tandis que les communautés sessiles avaient une abondance plus importante des voies de dégradation des polluants et du métabolisme de l’azote. La variable saison n’avait pas d’effet sur l’abondance globale des gènes ; cependant, en été, certaines voies semblaient enrichies, notamment celles liées à la production d’énergie, à la réponse au stress et à la compétition. En revanche, l’hiver semblait favoriser un état plus dormant, comme l’indiquent les voies enrichies moins nombreuses observées. Nos résultats suggèrent que, même si les communautés sessiles et planctoniques proviennent de la même source, elles peuvent adopter des stratégies métaboliques différentes pour s’adapter à leur mode de vie respectif. Il est possible que l’effet du biofilm influence et façonne les traits fonctionnels potentiels des microorganismes vivant dans les aquifères. Enfin, nous pensons que ce projet pourra servir de base à des travaux futurs pour mieux comprendre les communautés microbiennes et leurs fonctions dans d’autres aquifères au Canada. Cette étude montre le potentiel des communautés microbiennes souterraines pour recycler la matière organique et métaboliser les polluants, contribuant ainsi à améliorer l’équilibre de l’eau et des nutriments. _____________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Cycle biochimique, Métabolisme, Eau souterraine, Fonctions, Bioréacteur
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.001 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".