Evaluation of human papillomavirus type competition and the potential for type replacement postvaccination
Bibliographic record
Abstract
Introduction: La découverte que l'infection par certains types de virus du papillome humain (VPH) est nécessaire pour le développement du cancer du col de l'utérus a mené à la création de deux vaccins spécifiquement contre les types de VPH (16 et 18) responsables pour la plupart des cas du cancer cervical (~70%). Il existe cependant d'autres types de VPH, qui, suite à la vaccination pour les sortes cibles 6, 11, 16 et 18, peuvent néanmoins augmenter. Si une compétition naturelle existe entre ces vaccins et d'autres types de VPH, le remplacement de types peut être plus probable. Les objectifs principaux de ce projet étaient d'évaluer la compétition entre les types de VPH et d'estimer le potentiel de création d'artefacts diagnostiques, lesquels pourraient réduire notre capacité de comparer avec précision la prévalence du VPH chez les populations vaccinées avant et après la vaccination. Méthodes: Diverses approches statistiques furent considérées pour l'évaluation du remplacement de type de VPH. Les données sur les sujets ainsi que celles décrivant l'ADN du VPH provenaient de cinq études épidémiologiques de femmes au Canada et au Brésil. Ces approches incluaient : 1) la construction de modèles de régression logistique hiérarchiques pour chaque type ciblé par les vaccins, et des analyses pour déterminer si une infection avec ces types pourrait être associée à une infection par d'autres types de VPH; et 2) la construction d'estimateurs de Kaplan-Meier et de régressions de Cox pour évaluer l'acquisition séquentielle et l'élimination des types de VPH par rapport au statut d'infection au VPH avec les types ciblés par les vaccins. Pour évaluer le démasquage du VPH 52 qui pourrait être attribuable à l'élimination du VPH 16, nous avons également refait l'analyse de 1000 spécimens du col de l'utérus (provenant des cinq études mentionnées ci-dessus) et de 200 spécimens anaux supplémentaires (d'une étude basée à Montréal auprès des hommes atteints du VIH). Ces échantillons, qui étaient tous initialement marqués par l'absence du VPH 52 selon PCR (200 spécimens par étude; 100 VPH16+ par étude) furent ré-analysés pour le VPH 52 par un travail de PCR en temps réel, très sensible, et spécifique aux types. Résultats: Lors de nos analyses combinées qui comparaient le risque d'infection par un type de VPH contenu dans le vaccin avec celui d'autres types de VPH (approche de régression), une seule association négative fut observé (entre les VPH 18 et 89), mais elle n'était pas statistiquement significative. De même, nos analyses examinant le taux d'acquisition ou d'élimination d'autres types de VPH selon l'infection par les types vaccins (approche de cohorte) n'ont rapporté aucune association positive ou négative statistiquement significative (après avoir tenu compte de plusieurs comparaisons). Nos analyses de démasquages ont démontré que la présence du VPH 16 était positivement associée avec la détection du VPH 52, particulièrement dans l'étude des hommes infectés par le VIH (OR=3.82, 95%CI: 1.19-12.26). Malgré une hétérogénéité substantielle entre les études (P=0.08), une association positive entre la charge virale de VPH 16 (terciles) et la détection de VPH 52 (P=0.003) fut observée. Conclusions: Aucunes preuves claires ou cohérentes ne furent observées dans nos analyses de régression ou de cohorte. Il serait utile de démasquer pour le VPH de type 52 au cours des prochaines études de surveillances cherchant à comparer la prévalence du VPH avant et suite à la vaccination. Ceci aurait un grand impact pour les individus ayant une infection au VPH 16 à charge virale élevée (par exemple, les populations des personnes immunosupprimés avec une haute prévalence de VIH). Ces résultats indiquent que le remplacement de type de VPH est peu probable, ce qui pourrait aider à aviser certaines décisions sur les programmes de vaccination.
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.015 | 0.040 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.001 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.002 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.001 |
| Open science | 0.001 | 0.001 |
| Research integrity | 0.001 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.003 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".