Determining the risk of depressive disorder as a sequela of a foodborne infection using administrative data from British Columbia, Canada : a retrospective population-based cohort study
Bibliographic record
Abstract
Contexte: Plusieurs études ont indiqué que les troubles dépressifs (TD) peuvent être une séquelle d’une infection. Malgré l’intérêt croissant envers l’axe intestin-cerveau, peu d’études ont exploré le rôle des Infections d’Origine Alimentaire (IOA) dans le développement des TD et aucune n’a évalué l’impact à long terme de pathogènes spécifiques. Des études suivant sur une longue période des patients dont le pathogène a été identifié en laboratoire sont requises pour évaluer l’impact de différentes IOA sur le risque de TD. Objectif: L’objectif de cette thèse était de déterminer si l’exposition à 14 IOA (botulisme, Campylobacter, Cryptosporidium, Cyclospora, Giardia, Hépatite A, Listéria, Salmonella spp. (non-typhoïde, Typhi, Paratyphi), Escherichia Coli producteurs de Shigatoxines (STEC), Shigella, Vibrio parahaemolyticus, et Yersinia) augmente le risque de développer un TD. Méthodes: J’ai conduit une étude de cohorte rétrospective de tous les résidents de Colombie-Britannique (CB) vivant dans la province entre le 1er janv. 2005 et le 31 déc. 2014 (env. 4.7 millions). Les cas d’IOA confirmés par laboratoire et capturés dans la base de surveillance Panorama, ont été liés avec les données de six bases administratives incluant PharmaNet, qui contient toutes les prescriptions servies en CB, sans égard au payeur. Les modèles de risques proportionnels de Cox ont été utilisés avec un appariement cas:témoins de 1:4 pour calculer les rapports de risque (RR) de l’incidence des TD ainsi que les intervalles de confiance (IC) à 95% suivant l’exposition aux 14 IOA, comparant les individus exposés à une IOA et les individus non-exposés. Les RR ont été ajustés en fonction de l’âge, le sexe, le décile de revenu, la sous-région sanitaire, les comorbidités et l’exposition aux antibiotiques, inhibiteurs de la pompe à protons, statines ainsi qu’agents immunosuppresseurs et immunomodulateurs.Résultats: 33 360 patients exposés et 133 068 patients non-exposés, appariés sur le sexe, l’âge exact et la durée de la couverture MSP ont été inclus dans cette étude. Sur un suivi moyen de 5.80 ans, 4 515 (23.7 pour 1000 pers.-années) cas incidents de TD ont été détectés chez les patients exposés et 12 273 (15.8 pour 1000 pers.-années) chez les patients non-exposés. Les patients exposés avaient 38% plus de risques de développer un TD (RR aj. 1.38 IC 95% 1.33-1.43) que les patients non-exposés. L’usage récent d’antibiotiques, un facteur de risque de TD, était plus commun dans le groupe exposé à une IOA que dans le groupe non-exposé (8.9% vs 3.2%). Après stratification en fonction de l’usage d’antibiotiques, le RR demeure significatif (RR aj. 1.14, IC95% 1.01-1.28). Le sexe et la présence d’un diagnostic de syndrome de l’intestin irritable ne sont pas des modificateurs d’effet significatifs. Lors des analyses individuelles, les pathogènes campylobacter (RR aj 1.36, IC95% 1.28-1.44), salmonella non-typhoïde (RR aj 1.40, IC95% 1.29-1.52), giardia (RR aj 1.34, IC95% 1.21-1.48), yersinia (RR aj 1.58, IC95% 1.44-1.74) and shigella (RR aj 1.55, IC95% 1.30-1.85) ont tous été associés à une hausse du risque de TD. Le pathogène STEC n’a pas été associé à un risque accru de TD (RR aj 1.15, IC95% 0.93-1.42).Discussion: Une association a été démontrée entre les IOA et le risque de TD. La bactérie yersinia est associée à un risque accru de TD par rapport aux autres pathogènes, possiblement dû à la prévalence plus élevée de conditions gastro-intestinales (GI) chez les patients atteints de yersiniose. Ces résultats sont alignés avec ceux des autres études, qui indiquent un lien entre les infections GI et le risque de troubles affectifs, bien que le lien entre le STEC et les TD décrit dans une autre étude n’a pas été observé dans cette étude. Conclusion: Au vu de son association avec les TD, la confirmation par laboratoire d’une IOA pourrait être un indicateur pour les cliniciens qu’une approche plus proactive de prévention et de détection des TD est appropriée
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.002 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.004 |
| Science and technology studies | 0.003 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.002 | 0.000 |
| Open science | 0.001 | 0.001 |
| Research integrity | 0.001 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".