Characterizing stratified microbial communities and a novel polyextremophilic chemolithoautotroph from hypersaline cold sulfur springs in the Canadian High Arctic
Bibliographic record
Abstract
Les métabolismes basés sur les réactions rédox du soufre pourraient avoir soutenu la vie sur la planète Mars du passé, où des environnements aquatiques froids, anoxiques et hypersalins, analogues aux sources arctiques contemporaines riches en soufre, auraient pu exister. Les systèmes de sources Gypsum Hill (GH) et Lost Hammer (LH), situés sur l'île Axel Heiberg (IAH) dans le Haut-Arctique canadien, constituent des modèles précieux pour ces habitats extraterrestres putatifs. Ces sites abritent des eaux salées anoxiques et riches en soufre qui demeurent à des températures froides, offrant un aperçu unique sur la diversité, la physiologie et le potentiel génomique de la vie microbienne polyextrêmophile cyclant le soufre. Des études méta-omiques précédentes sur les systèmes de sources de l’IAH se sont concentrées exclusivement sur les sédiments de surface où les bactéries oxydant le soufre contribuent largement à la production primaire. Cependant, aucune étude n'a encore décrit la vie dans les profils sédimentaires plus profonds, probablement plus réducteurs et à énergie limitée. De plus, les méthodes traditionnelles basées sur la culture, qui sont importantes pour tester les prédictions génomiques, ont été largement négligées ces dernières années au profit d'approches purement omiques. Par conséquent, ce mémoire-ci vise à étudier les communautés microbiennes qui habitent les sédiments plus profonds non caractérisés du système de sources GH en utilisant à la fois des méthodologies dépendantes et indépendantes de la culture, suivies d'un isolement ciblé et d'une caractérisation approfondie de Guyparkeria, un genre bactérien oxydant le soufre et originaire du système de sources LH.Tout d'abord, une carotte sédimentaire de 40 cm de profondeur a été acquise dans le bassin secondaire de sortie GH-4 (le plus grand bassin de sortie du système de sources GH). Après avoir subdivisé la carotte en quatre intervalles de profondeur distincts, le séquençage d’amplicons du gène ARNr 16S et de métagénomes ont été effectués afin d'étudier comment la composition et le potentiel fonctionnel de la communauté microbienne varient en fonction de la profondeur de la colonne sédimentaire. Les gènes associés au cycle du soufre ont présenté des variations significatives en fonction de la profondeur, principalement dues à une forte baisse de l'abondance relative moyenne des Gammaproteobacteria oxydant le soufre à mesure que la profondeur des sédiments augmentait. La communauté microbienne a changé en un système plus anaérobique et chimiolithoautotrophe dans les sédiments plus profonds, dominée par des « Candidatus Desulfaltia » présumés hydrogénotrophes, chimiolithoautotrophes et strictement sulfato-réducteurs. Des expériences complémentaires basées sur la culture ont confirmé la présence de polyextrêmophiles hétérotrophes et chimiolithoautotrophes viables dans toute la carotte sédimentaire, capables de croître dans des conditions de températures inférieures à zéro et d'hypersalinité. Ensemble, ces résultats approfondiessent notre compréhension des métabolismes liés au soufre et des limites physiologiques de la vie dans des environnements froids, anoxiques, hypersalins et très réducteurs, analogues aux eaux salées froides et riches en sulfate qui auraient pu exister sur Mars du passé
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.002 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.000 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".