The unusual structure of the ubiquitin-like domain of the protein sacsin
Bibliographic record
Abstract
L'ataxie récessive spastique autosomale de Charlevoix-Saguenay (ARSACS) est une maladie neurodégénérative progressive dont les symptômes se présentent dès la petite enfance. Les symptômes les plus importants sont la spasticité dans les membres, l'ataxie, le développement plus lent des fonctions motrices, une atrophie musculaire et des troubles de l'élocution. La maladie est due à des mutations dans le gène SACS qui code pour la sacsine, une grande protéine multidomaine qui se trouve dans les neurones. La perte de fonction dans la sacsine est associée à la perte progressive des cellules de Purkinje du cervelet et à un réseau mitochondrial hyperfusionné, probablement due à une réduction de la fission mitochondriale. La structure et la fonction de la sacsine sont mal caractérisées. La sacsine est censée jouer un rôle de chaperon pour la promotion du repliement des protéines impliquées dans l'ataxie. Une analyse bioinformatique a montré que la sacsine contient un domaine homologue à l'ubiquitine (UBL). Des études de co-immunoprécipitation ont démontré que le domaine UBL interagirait avec la sous-unité du protéasome C-8. Le travail de recherche décrit dans cette thèse comprend l'incorporation de la sélénométhionine dans le domaine UBL, sa cristallisation et la détermination de sa structure à haute résolution par diffraction de rayons X et le signal de diffusion anomale du sélénium. La structure obtenue est inhabituelle et se présente comme un dimère formé par l'échange des parties N-terminales des deux molécules. L'existence du dimère a été confirmée en solution par des expériences d'auto-diffusion en RMN. Le site hydrophobique, qui est habituellement responsable de l'interaction des domaines UBL avec leurs ligands, est obstrué dans le dimère échangé ce qui suggère que le domaine UBL de la sacsine ne lie pas le protéasome sous forme de dimère.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.001 | 0.001 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".