Characterizing the root-associated microbial community structure after 5 years of phytoremediation on gold mine waste rock in Northern Quebec
Bibliographic record
Abstract
L'exploitation de l'or a créé plusieurs problèmes environnementaux sur les terres minées et est devenu une préoccupation croissante pour la communauté locale et les autorités responsables de la réglementation. Depuis quelques années, l'interaction mutualiste plante-microbe est utilisée afin de restaurer la durabilité et la productivité du sol des zones minières faiblement contaminées. Le sol post-minier étant pauvre en éléments nutritifs, des plantes indigènes robustes telles que les aulnes (Alnus spp.) et les conifères boréaux qui forment naturellement des symbioses avec des microbes sont fréquemment choisies pour augmenter l'efficacité de la phytoremédiation. Dans ce projet, nous avons effectué un essai de terrain en phytoremédiation sur une pente de stériles de la mine d'or Sigma, à Val-d'Or, au Québec, depuis 2012. La plantation comprend deux espèces d'aulne, l'aulne vert (Alnus viridis subsp. crispa) et de l'aulne maculé (Alnus incana subsp. rugosa) et deux conifères, l'épinette blanche (Picea glauca) et le pin gris (Pinus banksiana). Avant la plantation, les deux espèces d'aulnes ont été inoculées en serre, avec la souche Frankia AvcI1 seulement et en combinaison avec les espèces fongiques mycorhiziennes, Glomus irregulare et Alpova diplophloeus; tandis que l'épinette blanche était inoculée avec Hebeloma crustiliniforme et Paxillus involutus, et le pin gris, avec Suillus tomentosus et Laccaria bicolor. Après cinq ans de croissance, la structure de la communauté (diversité et composition) du microbiome associé aux racines (communautés microbiennes de la rhizosphère et endophytes) a été caractérisée à l'aide d'un séquençage d'amplicons ciblant le gène de l'ARNr 16S et la région d'espace transcrit interne (ITS) pour la caractérisation des communautés bactériennes/archaïennes et fongiques, respectivement. Nos résultats ont indiqué que ni l'inoculation des aulnes avec Frankia ni la double inoculation avec Frankia et les champignons mycorhiziens n'amélioraient la performance des aulnes dans la mine. Dans l'essai sur les conifères, seul le pin gris inoculé (en 2017) avait des taux de survie significativement supérieurs et une production de biomasse de plantules supérieure à celle des plantes témoins non inoculées. Les résultats du séquençage ont révélé que la diversité dans la rhizosphère et les compartiments radiculaires n'a pas augmenté après l'inoculation. À l'exception des semis de pin gris inoculés avec les espèces fongiques ectomycorhiziennes (ECM) Suillus (S. tomentosus) et Laccaria (L. bicolor), la composition microbienne associée aux racines n'était pas significativement distincte de leurs équivalents non inoculés (plantes témoins). Les familles bactériennes Acetobacteraceae et Sphingomonadaceae ont montré une abondance relative plus élevée dans la rhizosphère et dans les sols en vrac de pins gris inoculés par la ECM par rapport aux pins non inoculés; dans le compartiment racinaire, la famille des Acidobacteriaceae (sous-groupe 1) était plus abondante dans le pin inoculé à la ECM que dans le pin non inoculé. De plus, un genre de champignon Suillus que nous soupçonnons être notre inoculum S. tomentosus, a été trouvé dominant dans la rhizosphère, dans le sol en vrac et dans les racines de pins inoculés à la ECM, alors que ce genre n'était pas présent dans les plantules de pins non inoculées. Cette découverte pourrait expliquer l'impact positif sur la croissance du pin gris. Indépendamment des effets d'inoculation, les sols plantés ont améliorés en général, les caractéristiques du sol de la mine, favorisant un pH du sol neutre (7.0), une teneur en eau plus élevée et une abondance microbienne relative beaucoup plus élevée.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.001 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.001 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".