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Enregistrement W1151131272 · doi:10.1042/bcj20160200

Engineered Cx26 variants established functional heterotypic Cx26/Cx43 and Cx26/Cx40 gap junction channels

2016· article· en· W1151131272 sur OpenAlexaff
Levent B. Karademir, Hiroshi Aoyama, Benny Yue, Honghong Chen, Donglin Bai

Notice bibliographique

RevueBiochemical Journal · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueConnexins and lens biology
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDocking (animal)Homology modelingConnexinMacromolecular dockingMutantChemistryCell biologyBiologyProtein structureBiophysicsGap junctionBiochemistryGeneIntracellularEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Gap junction (GJ) channels mediate direct intercellular communication and are composed of two docked hemichannels (connexin oligomers). It is well documented that the docking and formation of GJs are possible only between compatible hemichannels (or connexins). The mechanisms of heterotypic docking compatibility are not fully clear. We aligned the protein sequences of docking-compatible and -incompatible connexins with that of connexin26 (Cx26). We found that two docking hydrogen bond (HB)-forming residues on the second extracellular domain (E2) of Cx26 and their equivalent residues are well conserved within docking-compatible connexins, but different between docking-incompatible connexins. Replacing one or both of these residues of Cx26 into the corresponding residues in the docking incompatible connexins (K168V, N176H or K168V-N176H) increased the formation of morphological and functional heterotypic GJs with connexin43 (Cx43) or connexin40 (Cx40), indicating that these two residues are important for docking incompatibility between Cx26 and these connexins. Our homology structure models predict that both HBs and hydrophobic interactions at the E2 docking interface are important docking mechanisms in heterotypic Cx26 K168V-N176H/Cx43 GJs and probably other docking compatible connexins. Revealing the key residues and mechanisms of heterotypic docking compatibility will assist us in understanding why these putative docking residues are hotspots of disease-linked mutants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,114
Score d'incertitude au seuil0,783

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,217
Écart entre enseignants0,203 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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