Peroxidation and redox reactions catalyzed by truncated hemoglobins
Notice bibliographique
Résumé
Roseobacter denitrificans is one member of widespread marine Rosoebacters and performs photosynthesis and denitrification aerobically. We report a native heme‐bound R. denitrificans truncated hemoglobin ( Rd . trHb) from heterologous expression in E. coli . Rd . trHb exhibits absorbance at 412, 538 and 572 nm bands with predominately alpha‐helical secondary structure. The phylogenetic classification suggests that Rd . trHb falls into group II trHbs, whereas sequence alignments indicate that it shares important heme pocket residues with both groups I and II trHbs. The resonance Raman spectra indicate that ferric Rd . trHb is mostly 6‐coordinate low‐spin and the ferrous form is a mixture of 5‐ and 6‐coordinated states. Two Fe‐His stretching modes were detected: one at 228 cm ‐1 , which represents an unconstrained neutral histidine as in other trHbs, and the other at 248 cm ‐1 , which has been reported in peroxidases and some flavohemoglobins that contain Fe‐His‐Asp (or Glu) catalytic triad, but not in trHbs. Further, Rd . trHb exhibits a significant peroxidase activity with a ( k cat / K m ) value three orders of magnitude higher than bovine Hb and only one order lower than horseradish peroxidase (HRP). The pH‐rate profiles yield a pK a value ~6.8. Homology modeling suggests that residues known to be important for interactions with heme‐bound ligands in group II trHbs from M. tuberculosis and B. subtilis are pointing toward to heme in Rd . trHb. Genomic organization and gene expression profiles imply possible functions for detoxification of reactive oxygen and nitrogen species in vivo . Altogether, Rd . trHb exhibits some distinct features and appears equipped to help Roseobacters to cope with reactive oxygen/nitrogen species and/or operate redox biochemistry.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».