Secondary Analysis of Publicly Available Data Reveals Superoxide and Oxygen Radical Pathways are Enriched for Associations Between Type 2 Diabetes and Low‐Frequency Variants
Notice bibliographique
Résumé
Genome-wide association studies explain at most 5%-10% of the heritable components of type 2 diabetes. Some of the "missing type 2 diabetes heritability" could be explained by low-frequency variants. We examined the associations between low-frequency variants and type 2 diabetes, using data from 2538 diabetic and 2977 nondiabetic subjects in the publicly available database of Genotypes and Phenotypes. We applied two approaches. First, we combined information from all low-frequency (1%-5%) variants at a locus in a gene-centric analysis of associations with diabetes. Next, we searched for gene ontology (GO) biological processes that were enriched for gene-centric associations, after correcting for multiple testing to control the false discovery rate (FDR). We found three GO biological processes that were significantly enriched for associations to diabetes: "response to superoxide" (FDR-adjusted p=2.7×10(-3)), "response to oxygen radical" (FDR-adjusted p=2.7×10(-3)), and "heart contraction" (FDR-adjusted p=2.6×10(-2)). There were three genes that contributed to "response to superoxide" and "oxygen radical" pathways, including the SOD1 gene. Gene-centric tests of association with low-frequency variants, followed by analysis to evaluate which biological pathways are enriched for these associations has the potential to recover, at least some proportion of, the "missing heritability" of type 2 diabetes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».